Yayınlanan
STREGA kontrol listesi , genetik ilişki çalışmaları için raporlama kılavuzudur. Adı, Genetik İlişki Çalışmalarının Raporlanmasının Güçlendirilmesi anlamına gelir ve Little ve meslektaşları tarafından 2009 yılında STROBE bildirisinin bir uzantısı olarak yayınlanmıştır [1] . STROBE'nin 22 maddesi vardır ve STREGA bunlardan 12'sine genetiğe özgü metin ekler [1] . Eklemeler, genotipleme hatası, popülasyon tabakalaşması, Hardy-Weinberg dengesi ve test edilebilecek çok sayıda varyant gibi diğer gözlemsel tasarımlarda nadiren ortaya çıkan sorunlarla ilgilidir.
Çoğu kılavuz, maddeleri listelemekle yetinir. Bu kılavuz daha da ileri gider. Kontrol listesinin kendisinden sonra, her bir STREGA satırını, 2026 yılında Hormones dergisinde yayınlanan ve STREGA'yı takip ettiğini belirten gerçek bir açık erişimli vaka-kontrol çalışmasına uyguluyoruz; her kararın yanında makale bölümü de yer alıyor [2] . İhtiyaç belgelenmiştir. Nedovic ve meslektaşları 160 genetik ve kalıtım dergisini incelemiş ve sadece 29'unun (%18.1) yazarlar için talimatlarında STREGA'ya atıfta bulunduğunu ve kontrol listesine uyumun, onu destekleyen dergilerde önemli ölçüde daha yüksek olduğunu bulmuşlardır [3].
Basit Sözlerle
STREGA kontrol listesi, genetik için ek satırlar içeren STROBE kontrol listesidir. 22 STROBE maddesinin tamamını korur ve bunlardan 12'sine genetik metin ekler. Ek satırlar, DNA'nın nasıl toplandığı ve genotiplendirildiği, kaç örneğin başarısız olduğu, genotip sayılarının Hardy-Weinberg dengesine uyup uymadığı, soy geçmişinin nasıl ele alındığı, kaç varyantın test edildiği ve çalışmanın ilk rapor mu yoksa tekrarlama çalışması mı olduğu gibi soruları içerir. Her birine Yöntemler veya Sonuçlar bölümünde bir veya iki cümleyle cevap verin, bir maddenin geçerli olmadığı durumlarda bunu açıkça belirtin ve her sayımın özet, tablolar ve metin genelinde tutarlı olduğundan emin olun.
STREGA Kontrol Listesi Nedir ve STROBE ile İlişkisi Nedir?
STREGA, gözlemsel çalışmalar için STROBE kılavuzunun genetik karşılığıdır ve STROBE kılavuzumuzda ayrıntılı olarak açıklanmıştır. Çok disiplinli bir grup tarafından literatür taraması, atölye sunumları ve tartışmaları ile yinelemeli elektronik yazışmalar sonucunda oluşturulmuştur. 74 davetliden 33'ü Haziran 2006'da Ottawa'da düzenlenen bir atölye çalışmasına katılmıştır; bunlar arasında epidemiyologlar, genetikçiler, istatistikçiler, dergi editörleri ve yüksek lisans öğrencileri bulunmaktadır [1] . Bildiri 2009 yılında çeşitli dergilerde yayınlanmış olup, PLoS Medicine versiyonu Creative Commons CC0 lisansı altında yayınlanmıştır, bu nedenle metni serbestçe yeniden kullanılabilir [1].
Yazarlar, önerilerinin herhangi bir özel çalışma tasarımını veya yöntemini desteklemek veya karşı çıkmak amacını taşımadığını söylüyor. Amaç, yapılan ve bulunan şeylerin raporlanmasında şeffaflık ve eksiksizliktir [1] . Bu nedenle, bu tür bir kontrol listesi, okuyucunun bilgiyi bulup bulamayacağını kaydeder ve çalışmanın ne kadar iyi olduğunu değerlendirmez. Hedeflediği raporlama açığı erken dönemde fark edildi. Yazarlar, 2001-2003 yılları arasında yayınlanan 315 genetik ilişki çalışmasının rastgele bir örneğinin değerlendirmesini aktarıyor; bu çalışmada sadece bazı çalışmalar genotiplemeyi doğrulamak için yöntemler tanımlamıştır [1].
STREGA Kontrol Listesi Maddeleri (El Yazması Bölümüne Göre)
Tablo 1, 22 maddeyi özetliyor ve STREGA'nın her birine ne eklediğini, cevabın ait olduğu el yazmasının bölümüne göre gruplandırarak gösteriyor. İfade biçimi bize aittir ve orijinal metin açık erişimli makalenin [1] Tablo 1'inde yer almaktadır . Sayımımıza göre, eklemeler 12 maddede toplam 18 ekstra veya genişletilmiş satıra denk geliyor ve en ağır yük 12. madde olan istatistiksel yöntemlerde bulunuyor.
Tablo 1. Little ve ark., 2009'dan (CC0) özetlenen 22 STROBE maddesi ve STREGA eklemeleri.
| + | konu | Temel talep, özetlenmiş haliyle | STREGA ilavesi, özetlenmiş hali |
|---|---|---|---|
| 1 | Başlık ve özet | Tasarımın adını başlıkta veya özet bölümünde yaygın olarak kullanılan bir terimle belirtin ve bilgilendirici, dengeli bir özet yazın. | Hayır |
| 2 | Arka plan ve mantık | Bilimsel arka planı ve gerekçeyi açıklayın. | Hiçbiri (seçilen genler ve varyantlara ilişkin gerekçe 7. maddede istenmektedir) |
| 3 | Amacı | Belirlenmiş tüm varsayımlar da dahil olmak üzere, spesifik hedefleri belirtin. | Çalışmanın bir ilişkiyi ortaya koyan ilk rapor mu, bir tekrar çalışması mı yoksa her ikisi birden mi olduğunu belirtin. |
| 4 | Çalışma tasarımı | Tasarımın temel unsurlarını erken aşamada sunun. | Hayır |
| 5 | ayar | Ortamı, yerleri ve ilgili tarihleri belirtin. | Hayır |
| 6 | Katılımcılar | Eşleştirilen çalışmalar için uygunluk kriterlerini, kaynakları ve seçim yöntemlerini ve eşleştirme ayrıntılarını verin. | Katılımcılar daha büyük bir çalışmadan geldiğinde alt kümelerin nasıl seçildiğini açıklayın. |
| 7 | Değişkenler | Sonuçları, maruziyetleri, tahmin edicileri, karıştırıcı faktörleri ve etki değiştiricileri tanımlayın. | Genetik varyantları yaygın olarak kullanılan bir terminolojiyle tanımlayın ve popülasyon tabakalaşmasıyla ilişkili olabilecek değişkenlere isim verin. |
| 8 | Veri kaynakları ve ölçüm | Her bir değişken için değerlendirme kaynaklarını ve yöntemlerini ve bunların gruplar arasındaki karşılaştırılabilirliğini belirtin. | Laboratuvar çalışmalarını, DNA kaynağı ve saklama koşulları, genotipleme yöntemi ve platformu, algoritma ve sürümü, hata ve sonuç oranları, laboratuvar, karşılaştırılabilirlik ve genotiplerin birlikte mi yoksa gruplar halinde mi atandığı dahil olmak üzere açıklayın. |
| 9 | Önyargı | Önyargı kaynaklarını ele almaya yönelik çabaları açıklayın. | Nicel sonuçlar için, örneğin ilaç tedavisi kaynaklı önyargının incelenip incelenmediği ve nasıl ele alındığı gibi. |
| 10 | Çalışma boyutu | Çalışma büyüklüğünün nasıl belirlendiğini açıklayın. | Hayır |
| 11 | nicel değişkenler | Nicel değişkenlerin nasıl ele alındığını ve gruplandırıldığını açıklayın. | Uygulanabilirse, tedavi etkileriyle nasıl başa çıkıldığını açıklayın. |
| 12 | İstatistiksel Yöntemler | Tüm yöntemleri, alt grup ve etkileşim analizlerini, eksik verileri, eşleştirme veya takip işlemlerini ve duyarlılık analizlerini açıklayın. | Yazılım sürümünü ve ayarlarını belirtin. Hardy-Weinberg dengesini (12f), genotip veya haplotip çıkarımını (12g), popülasyon tabakalaşmasını (12h), çoklu karşılaştırmaları (12i) ve akrabalığı (12j) ekleyin. |
| 13 | Katılımcılar (sonuçlar) | Her aşamadaki sayıları, katılmama nedenlerini raporlayın ve bir akış şemasını göz önünde bulundurun. | Genotipleme girişiminde bulunulan kişi sayısını ve başarılı olanların sayısını bildirin. |
| 14 | açıklayıcı veriler | Kohortlara ait katılımcı özelliklerini, eksik veri sayılarını ve takip sürelerini belirtin. | Genotip bazında bilgi vermeyi düşünün. |
| 15 | Sonuç verileri | Çalışma türüne göre sonuç olaylarını veya maruz kalma kategorilerini raporlayın. | Genotip kategorisine göre sonuçları veya sayıları raporlayın. |
| 16 | Ana sonuçlar | İlgiliyse, düzeltilmemiş ve düzeltilmiş tahminleri, hassasiyet, kategori sınırları ve mutlak risk ile birlikte verin. | Çoklu karşılaştırmalar için yapılan herhangi bir düzeltmenin sonuçlarını ekleyin (16d). |
| 17 | Diğer analizler | Alt grup analizleri ve duyarlılık analizleri gibi diğer analizleri de raporlayın. | İncelenen tüm varyantların sonuçlarını özetleyin (17b) ve ayrıntılı sonuçlara nereden erişilebileceğini belirtin (17c). |
| 18 | Anahtar sonuçlar | Başlıca sonuçları hedefler doğrultusunda özetleyin. | Hayır |
| 19 | Sınırlamalar | Sınırlamaları, varsa önyargıların yönünü ve büyüklüğünü tartışın. | Hayır |
| 20 | Yorumlama | Genel olarak temkinli bir yorum yapın. | Hayır |
| 21 | genellenebilirlik | Dış geçerliliği tartışın. | Hayır |
| 22 | Harçlar | Finansman kaynağını ve fon sağlayıcıların rolünü belirtin. | Hayır |
Şekil 1, aynı yapıyı bir bakışta göstermektedir. 22 kutunun on ikisi genetikle ilgili bir ek bilgi içermekte olup, bunlar laboratuvar, istatistikler ve katılımcı sayılarının bulunduğu Yöntemler ve Sonuçlar bölümünde kümelenmektedir. Giriş ve Tartışma maddeleri, 3. madde hariç, STROBE ifadelerini korumaktadır.

STREGA'nın Hedeflediği Beş Genetik Problem
STREGA yazarları, genetik ilişki çalışmalarıyla ilgili veya özellikle alakalı olan beş özel ilgi alanını belirlemiştir [1] . Tablo 2, her birini, onu ele alan maddeyi ve neden önemli olduğunu göstermektedir.
Tablo 2. STREGA'da özel ilgi alanı olarak belirlenen beş ana konu (Little ve ark., 2009'dan özetlenmiştir).
| Semt | Neden önemli | ürün | Ne rapor edilecek? |
|---|---|---|---|
| Genotipleme hataları | Diferansiyel olmayan hatalar genellikle ilişkileri sıfır hipotezine doğru yönlendirir. Sonuç durumuna göre genotiplemedeki sistematik farklılıklar sonuçları herhangi bir yöne doğru etkileyebilir. | 8b, 13a | Laboratuvar çalışmalarını açıklayın ve kaç genotipleme girişiminin yapıldığını ve kaç tanesinin başarılı olduğunu bildirin. |
| Nüfus tabakalaşması | Alt popülasyonlar alel frekansları ve hastalık riski bakımından farklılık gösterdiğinde ve karşılaştırılan gruplar arasında eşit olmayan bir şekilde dağıldığında karıştırıcı faktörler ortaya çıkar. | 7b, 12h | Etnik köken bilgilerini ve tabakalaşmayı değerlendirmek veya ele almak için kullanılan yöntemleri bildirin veya hiçbir yöntem kullanılmadığını belirtin. |
| Haplotip varyasyonu | Haplotiplerin genellikle çıkarım yoluyla belirlenmesi gerekir ve yöntemler çeşitlilik gösterir. | 12g | Genotiplerin veya haplotiplerin nasıl çıkarıldığını, belirsizlikleri, nadir haplotip türlerini ve kullanılan yazılımları da içerecek şekilde açıklayın. |
| Hardy-Weinberg dengesi | Denge durumundan sapma, genotipleme hatalarına veya verilerdeki özelliklere işaret edebilir. Yaklaşık 600 çalışmanın analizinde, modele uymayan çalışmaların sonuçları, 42 gen-hastalık ilişkisinden beşinde modele uyan çalışmaların sonuçlarından önemli ölçüde farklılık göstermiştir. | 12f | Denge durumunun dikkate alınıp alınmadığını ve nasıl alındığını, ayrıca büyük platformlar için varyantları dışlamak amacıyla kullanılan eşik değerini belirtin. |
| Çoğaltma | Raporlar giderek daha fazla sayıda çalışmayı tek bir makalede sunmakta ve birleştirmektedir. | 3 | Çalışmanın ilk rapor mu, tekrarlama çalışması mı yoksa her ikisi birden mi olduğunu belirtin ve tekrarlama iddiasında bulunma kriterlerini belgeleyin. |
Yazarlar, katılımcıların seçimi, gen ve varyantların seçilme gerekçesi, kantitatif özelliklerin incelenmesinde tedavi etkileri, istatistiksel yöntemler, akrabalık, tanımlayıcı ve sonuç verilerinin raporlanması ve test edilen veri hacmi olmak üzere yedi ek konuyu listeliyor [1] . Bunlardan sonuncusu, yüz binlerce varyant arasında yapılan bir aramanın yalnızca şans eseri birçok yanlış pozitif olasılık oranı üretmesinin beklenebileceği genom çapındaki çalışmalar için en önemlidir. Genomikte istatistiksel yöntemlere ilişkin kılavuzumuz test tarafını kapsarken, ki-kare kılavuzumuz genotip sayımlarını karşılaştıran ve denge sapmalarını kontrol eden testi göstermektedir.
STREGA Checklist, STROBE ve STROBE-MR Arasında Seçim Yapmak
Makalede, bir kohort, vaka-kontrol veya kesitsel tasarımda genetik bir varyant ile bir özellik veya hastalık arasındaki ilişkiyi bildiren bir çalışma olduğunda, varyantların aday olarak seçilmiş veya genom çapında taranmış olmasına bakılmaksızın STREGA kontrol listesini kullanın. STREGA tablosu STROBE ifadesini içerir, bu nedenle tamamlanmış bir tablo her ikisini de kapsar. Bir Mendel rastgeleleştirme makalesi farklıdır, çünkü genetik varyantları nedensel bir etkiyi tahmin etmek için araçlar olarak ele alır ve kendi 20 maddelik kılavuzuna, STROBE-MR'ye [5] sahiptir . STROBE-MR çalışma örneğimiz, bu kılavuzla aynı şekilde gerçek bir çalışmayı madde madde puanlar.
Yöntemin kendisi için, öncelikle Mendel rastgeleleştirmesi hakkındaki açıklamamızı okuyun , ardından F-istatistiğinin zayıf araçları nasıl işaretlediğini, pleiotropi kılavuzumuzda dört tahmincinin her birinin neye karşı koruma sağladığını ve güç hesaplamasının neden sıklıkla masa başı reddine karar verdiğini inceleyin. Hangi kılavuzun tasarımınıza uygun olduğundan emin değilseniz, başlıkta belirtilen tasarımı kılavuz olarak kullanın; genetik ilişki çalışmaları için STREGA ve Mendel rastgeleleştirmesi için STROBE-MR. Genetik ilişki çalışmalarını bir araya getiren hakemler, vaka-kontrol çalışmalarını da bir kalite derecelendirme aracı olan ve raporlama kılavuzu olmayan Newcastle-Ottawa Ölçeği ile değerlendirebilirler; bu nedenle ikisi farklı soruları yanıtlar.
Değerlendirdiğimiz Açık Erişim Örneği
Puanladığımız makale
Obezitenin genetik arka planı üzerine vaka-kontrol tasarımında 2026 yılında Hormones'da yayınlanan Kalesis ve meslektaşlarının çalışmasını seçtik [2] . Makale 7 Ekim 2025'te alındı, 24 Nisan 2026'da kabul edildi ve 2 Haziran 2026'da çevrimiçi olarak yayınlandı. Özette "Çalışma, STREGA kılavuzlarına uygun olarak yürütüldü ve raporlandı." ifadesi yer almaktadır ve makale, kılavuz için referans olarak Little ve meslektaşlarını göstermektedir. Çalışma, 257 Yunan obez yetişkini (136'sı tip 2 diyabeti olmayan ve 121'i tip 2 diyabeti olan) üç varyantta (TCF7L2 rs7903146, FTO rs9939609 ve PPARG rs1801282) karşılaştırmaktadır ve diyabeti olmayan grupta HbA1c analizini de eklemektedir.
Lisans CC BY 4.0'dır ve üç bağımsız kayıt da bunu doğrulamaktadır. Kayıtlı sürüm için Crossref lisans kaydı, 2 Haziran 2026 başlangıç tarihiyle Creative Commons Attribution 4.0 URL'sini vermektedir, Europe PMC lisans alanı "cc by" olarak belirtilmiştir ve makale XML'i (JATS) içindeki lisans ifadesi Creative Commons Attribution 4.0 Uluslararası Lisansı'nı adlandırmaktadır. PMC açık veri kaydı da lisansı CC BY olarak ve makaleyi geri çekilmemiş olarak listelemektedir. Bir PMC kopyası yayıncı sürümünden farklı olabileceğinden, XML gövde metnini, derginin kendi düzenini ve 527 ila 533 sayfa numaralarını taşıyan PMC açık veri deposunda bulunan dizilmiş PDF ile karşılaştırdık ve Yöntemler, Sonuçlar veya Tartışma ifadelerinde herhangi bir farklılık bulamadık. Aşağıdaki sayfa işaretçileri bu PDF'ye atıfta bulunmaktadır.
Makale dosyaları (metin, şekil, XML ve PDF) arasında tamamlanmış bir STREGA kontrol listesi bulamadık. Tek şekil, olasılık oranlarının orman grafiği olduğundan, şekli yeniden vermiyoruz ve tabloları kendi kelimelerimizle özetliyoruz.
Puanlamamız
STREGA tablosunda 22 madde bulunmaktadır ve bazılarının harflendirilmiş kısımları vardır, bu nedenle her birinin yanında makale bölümü veya sayfası bulunan 49 satırı puanladık. STREGA'nın STROBE'ye eklediği satırlar etiketlenmiştir. Her satır beş değerlendirmeden birini taşır. Bildirilen, bilginin mevcut ve açık olduğu anlamına gelir. Kısmen bildirilen, bilginin bir kısmının mevcut olduğu veya mevcut ancak tutarsız olduğu anlamına gelir. Bildirilmeyen, hiçbir şey bulamadığımız anlamına gelir. Uygulanamaz, satırın tasarıma uymadığı ve nedenini açıkladığımız anlamına gelir. Yargı kararı, makul okuyucuların satırı her iki şekilde de puanlayabileceği ve okumamızı açıkladığımız anlamına gelir.
İki uyarı geçerlidir. Birincisi, STREGA bir raporlama kılavuzudur, bu nedenle "Raporlanmadı" olarak işaretlenmiş bir satır, makalede bilgiyi bulamadığımız ve yazarların bu bilgiyi başka bir yerde bulundurabileceği anlamına gelir. İkincisi, yalnızca yayınlanmış makalede gösterilenleri puanlıyoruz. Alıntılar kelimesi kelimesine, 25 kelimeyi geçmeyecek şekilde alınır ve dizilmiş PDF ile karşılaştırılır.
STREGA Kontrol Listesinin Örnek Üzerinde Madde Madde Uygulanması
Tablo 3. Kalesis ve ark., Hormones 2026'ya uygulanan STREGA (CC BY 4.0). Üçüncü sütundaki sayfa numaraları ve tablo referansları, Hormones 2026, cilt 25, sayı 2, sayfa 527-533'teki makaleye atıfta bulunmaktadır.
| Ürün ve satır | Makalenin aktardıkları | Nerede bulabilirim | Karar |
|---|---|---|---|
| 1a Başlıkta veya özetinde adı geçen tasarım | Başlık "bir vaka-kontrol çalışması" ile bitiyor ve özet bölümündeki Yöntemler "Bu vaka-kontrol çalışmasında" ifadesiyle başlıyor. | Başlık; Özet, s. 527 | Bildirilen |
| 1b Bilgilendirici ve dengeli özet | Özet, örneklem grubunu (257 yetişkin, 136'sı tip 2 diyabetli olmayan ve 121'i tip 2 diyabetli), üç varyantı, analiz planını, %95 güven aralığı ile olasılık oranlarını ve iki uyarıyı, yani ayarlanmamış modelleri ve kontrol grubundaki Hardy-Weinberg sapmalarını vermektedir. | Özet, s. 527 | Bildirilen |
| 2. Arka plan ve gerekçe | Giriş bölümü, tip 2 diyabetin genetiğini, genom çapındaki bulguları ve TCF7L2 rs7903146, FTO rs9939609 ve PPARG rs1801282 ile ilgili önceki kanıtları gözden geçirmektedir. | Giriş, s. 528 | Bildirilen |
| 3a Belirli amaçlar ve önceden belirlenmiş hipotezler | Birincil amaç, tip 2 diyabeti olmayan ve olan obez yetişkinler arasında üç varyantın sıklığını karşılaştırmaktır; ikincil amaç ise diyabeti olmayan gruptaki HbA1c'yi kapsamaktadır. Toplamsal model önceden belirlenmiş olarak adlandırılmaktadır, ancak makalede herhangi bir protokol veya kayıt belirtilmemiştir. | Giriş, son paragraf; İstatistiksel analiz, s. 528-529 | Bildirilen |
| 3b İlk rapor, tekrarlama veya her ikisi STREGA eklentisi | Makalede bunun ilk rapor mu yoksa bir tekrar çalışması mı olduğu belirtilmiyor. Tartışma bölümünde Yunan popülasyonlarından elde edilen kanıtların sınırlı olduğu, bunun da bilinen lokusların yeni bir popülasyonda tekrarlanması anlamına geldiği belirtiliyor, ancak bu nokta ima yoluyla ifade edilmiyor. | Tartışma, son paragraf, s. 532 | Karar verme |
| 4 Temel tasarım unsuru (erken aşama) | Vaka-kontrol tasarımı, başlıkta, özet bölümünde, Giriş bölümünün sonunda ve Yöntemler bölümünün ilk cümlesinde belirtilmiştir. | Başlık; Giriş, s. 528; Çalışma popülasyonu, s. 528 | Bildirilen |
| 5. Ortam, konumlar ve tarihler | Katılımcı alımı 20 Mayıs 2023 ile 20 Mayıs 2024 tarihleri arasında gerçekleşti, etik kurul onayının tarihi belirtilmiş ve genotipleme laboratuvarının adı verilmiştir. Katılımcı alım yerleri belirtilmiş ancak isimleri verilmemiştir ve HbA1c laboratuvarları tanımlanmamıştır. | Çalışma popülasyonu; Klinik değerlendirme, s. 528-529 | Kısmen bildirildi |
| 6a. Vaka ve kontrol gruplarının uygunluğu, kaynakları ve seçimi | Çalışmada, vücut kitle indeksi (BMI) 30'un üzerinde olan ve tip 2 diyabet tanısı konmuş yetişkinler vaka grubu olarak alınmıştır; kontrol grubu ise obez olup diyabeti olmayan yetişkinlerden oluşmaktadır ve monogenik diyabet veya ciddi eşlik eden hastalıkları olan kişiler çalışma dışında bırakılmıştır. Makalede diyabetin nasıl teşhis edildiği, katılımcılara nereden ulaşıldığı veya bu kontrol grubunun neden seçildiği belirtilmemiştir. | Çalışma popülasyonu, s. 528 | Kısmen bildirildi |
| 6a Daha büyük bir çalışmadan alt kümelerin seçimi STREGA eklentisi | Makalede bu katılımcıların daha büyük bir çalışmadan mı geldiği belirtilmiyor. Kaynağı belirtilmeden "kimliği gizlenmiş analitik veri kümesi"nden bahsediliyor, bu nedenle satır "uygulanamaz" veya "eksiklik" olarak okunabilir. | Klinik değerlendirme, s. 528 | Karar verme |
| 6b Eşleştirilmiş bir çalışma için eşleştirme kriterleri | Eşleştirme yöntemi açıklanmamış ve ortalama yaşlar arasında dört yıllık bir fark var (50 ve 54), bu da eşleştirilmemiş bir tasarıma uyuyor. | Çalışma popülasyonu; Tablo 1, s. 528 - 529 | Uygulanamaz |
| 7a Sonuçların, maruziyetlerin ve karıştırıcı faktörlerin tanımları | Obezite (VKİ 30'un üzerinde), diyabet durumu ve HbA1c kategorileri (Amerikan Diyabet Derneği eşik değerleri) tanımlanmıştır. Diyabet için tanı kriterleri verilmemiştir ve yaş, cinsiyet ve VKİ kovaryat olarak adlandırılmış ancak hiçbir modele dahil edilmemiştir. | Çalışma popülasyonu; Klinik değerlendirme, s. 528-529 | Kısmen bildirildi |
| 7b Standart bir isimlendirmede genetik maruziyetler STREGA eklentisi | Her varyant, gen ve rs numarasıyla adlandırılır ve TCF7L2 rs7903146 için CC, CT ve TT gibi genotip etiketleri kullanılır. | Klinik değerlendirme, s. 529; Tablolar 2 ila 4 | Bildirilen |
| 7b Nüfus tabakalaşmasıyla bağlantılı değişkenler STREGA eklentisi | Makalede, "Çalışma kayıtlarına göre tüm katılımcılar Yunan Kafkas kökenliydi" deniyor. Soy kökeninin nasıl kaydedildiği açıklanmıyor ve soy kökeniyle ilgili herhangi bir belirteç veya değişken bildirilmiyor. | Çalışma popülasyonu, s. 528 | Kısmen bildirildi |
| 8a Her bir değişkenin kaynakları ve ölçümü | Klinik veriler, katılımcıların alındığı yerlerdeki rutin değerlendirmelerden elde edilmiştir. HbA1c, katılımcılar tarafından seçilen sertifikalı klinik laboratuvarlarda yüksek performanslı sıvı kromatografisi ile ölçülmüştür ve bu laboratuvarlar arasındaki karşılaştırılabilirlik açıklanmamıştır. Sınırlamalar bölümünde laboratuvarlar arası heterojenlik belirtilmiştir. | Klinik değerlendirme, s. 528-529; Sınırlamalar, s. 532 | Kısmen bildirildi |
| 8b Laboratuvar ve genotipleme yöntemleri STREGA eklentisi | DNA, tam kandan elde edildi, genotipleme, adı belirtilen akredite bir laboratuvarda rhAmp SNP Genotipleme Sistemi üzerinde gerçek zamanlı PCR kullanılarak yapıldı ve makalede "Üç testin de %100 doğruluk oranına ulaştığı ve tekrarlanan genotiplemenin %100 uyumluluk gösterdiği" belirtiliyor. DNA saklama yöntemi, genotipleme yazılımı ve sürümü, parti ataması ve vaka ve kontrol gruplarının aynı koşullar altında genotiplenip genotiplenmediği belirtilmemiştir. | Klinik değerlendirme, s. 529 | Kısmen bildirildi |
| 9a Önyargıyı gidermeye yönelik çabalar | Kalite kontrolü (çağrı oranı, çift genotipleme, kontrol grubunda Hardy-Weinberg testi) ve tek soylu örneklem açıklanmıştır. Seçim yanlılığı veya karıştırıcı faktörlere karşı herhangi bir önlem açıklanmamıştır ve Sınırlamalar bölümünde seçim ve hayatta kalma yanlılığı listelenmiştir. | Klinik değerlendirme, s. 529; Sınırlamalar, s. 532 | Kısmen bildirildi |
| 9b ve 11 Nicel özellikler üzerindeki tedavi etkileri STREGA eklentisi | Makalede, kan şekerini düşürücü tedavinin HbA1c'yi etkileyip etkilemediği belirtilmiyor. HbA1c sadece diyabetik olmayan kontrol gruplarında ve sadece iki kategoride analiz edildiğinden, bu madde burada fazla önem taşımayabilir ve okuyucular bunu her iki şekilde de değerlendirebilir. | Klinik değerlendirme, s. 529 | Karar verme |
| 10. Çalışma büyüklüğüne nasıl ulaşıldı? | 257 katılımcı için herhangi bir açıklama veya güç hesaplaması verilmemiştir. Sınırlamalar bölümünde örneklem büyüklüğünün mütevazı olduğu belirtilmiştir. | Bulunamadı; Sınırlamalar, s. 532 | Rapor edilmemiş |
| 11. Nicel değişkenlerin ele alınması | Yaş, aralık belirtilerek ortalama olarak verilmiştir, HbA1c, ADA sınır değerlerine göre gruplandırılmıştır (normal glisemi 4.0 ila 5.6, prediyabet 5.7 ila 6.4) ve genotip, risk aleli başına toplamsal olarak kodlanmıştır. | Klinik değerlendirme; İstatistiksel analiz, s. 529 | Bildirilen |
| 12a İstatistiksel yöntemler ve yazılım sürümü STREGA eklentisi | Genotip dağılımları ki-kare testi ile karşılaştırıldı ve koşulsuz lojistik regresyon, katkısal birincil model ve baskın ve çekinik ikincil modellerle kullanıldı; tüm veriler belirtilen nedenlerden dolayı ayarlanmadı. Makalede "IBM SPSS Statistics sürüm 26" deniyor. Kesin Hardy-Weinberg testi için kullanılan araç belirtilmemiştir. | İstatistiksel analiz, s. 529 | Bildirilen |
| 12b Alt gruplar ve etkileşimler | Tek alt grup analizi, kontrol grubundaki HbA1c kategorisine göre genotip analizidir ve bu analiz açıklanmıştır. Herhangi bir etkileşim analizi belirtilmemiştir. | İstatistiksel analiz, s. 529 | Bildirilen |
| 12c Eksik veri | Genotip verilerinin eksiksiz olduğu belirtilmiş ve katılımcı düzeyinde yaş, cinsiyet ve BMI verilerinin eksikliği ayrıntılı olarak açıklanmıştır. Eksik HbA1c değerlerinin nasıl ele alındığı belirtilmemiştir. | İstatistiksel analiz; Sonuçlar, s. 529 | Kısmen bildirildi |
| 12d Analizde eşleştirme veya örnekleme stratejisi | Uygun değil çünkü herhangi bir eşleşme tanımlanmamış. | Uygulanamaz | Uygulanamaz |
| 12e Duyarlılık analizleri | Baskın ve çekinik modeller, toplamsal modelle birlikte çalıştırılıyor, ancak Hardy-Weinberg sapmalarının sonuçları nasıl etkilediğine dair bir analiz yapılmıyor. Bazı okuyucular genetik model karşılaştırmasını bir duyarlılık analizi olarak değerlendirebilir. | İstatistiksel analiz, s. 529; Tablo 4, s. 530 | Karar verme |
| 12f Hardy-Weinberg dengesi STREGA eklentisi | Denge, kontrol gruplarında kesin bir test ve alıntı ile test edildi ve Tablo 2'de gözlemlenen ve beklenen heterozigotlar rapor edildi. Yöntemler bölümünde "Hardy-Weinberg dengesi kesin bir test kullanılarak değerlendirildi" ifadesi yer almaktadır ve üç varyantın tamamı saklandığı için herhangi bir dışlama eşiği belirtilmemiştir. | Klinik değerlendirme, s. 529; Tablo 2, s. 529 | Bildirilen |
| 12g Genotip veya haplotip çıkarımı STREGA eklentisi | Tek varyantlar doğrudan gerçek zamanlı PCR ile tiplendirildi ve haplotip analizi açıklanmadı, bu nedenle bu satır geçerli değil. | Klinik değerlendirme, s. 529 | Uygulanamaz |
| 12 saat Nüfus tabakalaşması STREGA eklentisi | Makalede açıklanan tek ölçüt, Yunan Kafkas kökenli olmakla sınırlandırılmasıdır. Tartışma bölümünde temel bileşenler analizi standart bir yaklaşım olarak, soy bilgisi içeren analiz ise gelecekteki çalışmalar olarak belirtilse de, makale bunlardan hiçbirinin uygulanmadığını söylememektedir. | Çalışma popülasyonu, s. 528; Tartışma, s. 531 | Kısmen bildirildi |
| 12i Çoklu karşılaştırmalar ve yanlış pozitifler STREGA eklentisi | Üç varyant ve üç genetik modelin her biri 0.05 düzeyinde test edildi ve makalede ne bir düzeltme ne de düzeltme yapılmamasının nedeni belirtilmiyor. | İstatistiksel analiz, s. 529 | Rapor edilmemiş |
| 12j Denekler arasındaki ilişki STREGA eklentisi | Makalede katılımcıların akraba olup olmadığı belirtilmiyor. | Bulunamadı | Rapor edilmemiş |
| 13a Çalışmanın her aşamasındaki sayılar | Makalede 257 katılımcıdan (136 kontrol, 121 vaka) bahsediliyor. Ulaşılan, uygunluk açısından değerlendirilen veya belirtilen dışlama kriterleri kapsamında dışlanan kişi sayıları verilmemiştir. | Çalışma popülasyonu, s. 528 | Kısmen bildirildi |
| 13a Genotipleme denemesi yapıldı ve başarılı oldu STREGA eklentisi | Makalede "257 katılımcının tamamının üç lokus için de genotiplendirilmesi başarıyla tamamlandı" ifadesi yer alıyor. | Sonuçlar, s. 529 | Bildirilen |
| 13b Katılmama nedenleri | Hiçbir gerekçe veya sayı verilmemiştir. | Bulunamadı | Rapor edilmemiş |
| 13c Akış şeması | Akış şeması yok. Maddede bir tane düşünülmesi gerektiği belirtiliyor ve bir şema için öncelikle 13a satırında eksik olan aşama sayılarının eklenmesi gerekiyor. | Bulunamadı | Karar verme |
| 14a Katılımcıların özellikleri, genotip bilgileriyle birlikte STREGA eklentisi | Tablo 1, gruplara göre yaş (ortalama ve aralık), cinsiyet sayıları, ortalama BMI ve HbA1c (ortalama ve standart sapma) değerlerini vermektedir; BMI için dağılım bilgisi verilmemiştir. Genotipe göre özelliklerin tablosu verilmemiştir. | Tablo 1, s. 529 | Kısmen bildirildi |
| 14b Her değişken için eksik veri | Makalede, katılımcı düzeyinde yaş, cinsiyet ve BMI verilerinin mevcut olmadığı belirtiliyor ve eksik HbA1c değerlerinin sayısına dair herhangi bir bilgi verilmiyor. | Klinik değerlendirme, s. 528-529 | Kısmen bildirildi |
| 14c Takip süresi | Bu çalışma bir kohort çalışması olmadığı için geçerli değildir. | Uygulanamaz | Uygulanamaz |
| Her genotip kategorisinde 15 sayı (vaka-kontrol) STREGA eklentisi | Tablo 3, kontrol ve vaka gruplarındaki her bir genotipin sayısını ve yüzdelerini vermektedir. Sütunların toplamı, her üç varyant için de aritmetik hesaplamalarımızda sırasıyla 136 ve 121'e denk gelmektedir. | Tablo 3, s. 530 | Bildirilen |
| 16a Hassasiyet ile düzeltilmemiş ve düzeltilmiş tahminler | Tablo 4, her bir varyant için üç modelin ayarlanmamış olasılık oranlarını %95 güven aralığıyla birlikte vermekte olup, ayarlanmış tahminler verilmemiştir ve bunun nedeni belirtilmiştir. Ortalama yaşlar dört yıl farklılık gösterdiğinden, bazı okuyucular ayarlanmış tahminler isteyebilirken, diğerleri bu açıklamayı kabul etmektedir. | Tablo 4, s. 530; Tartışma, s. 532 | Karar verme |
| 16b Sürekli değişkenler için kategori sınırları | HbA1c sınırları verilmiştir (5.7'nin altında ve 5.7 ile 6.4 arası). | Klinik değerlendirme, s. 529; Tablo 5, s. 531 | Bildirilen |
| 16c Mutlak risk | Uygulanamaz. Sabit grup boyutlarına sahip vaka-kontrol örneklemi, dış vaka verileri olmadan mutlak riskler vermez. | Uygulanamaz | Uygulanamaz |
| 16d Çoklu karşılaştırmalar için yapılan düzeltmelerin sonuçları STREGA eklentisi | Hiçbiri bildirilmemiştir, bu da 12i. satırdan anlaşılmaktadır. | Bulunamadı | Rapor edilmemiş |
| 17a Diğer analizler | Baskın ve çekinik modeller (Tablo 4) ve HbA1c analizi (Tablo 5) rapor edilmiştir. | Tablo 4 ve 5, s. 530-531 | Bildirilen |
| 17b İncelenen tüm varyantlara ilişkin sonuçların özeti STREGA eklentisi | Sadece üç varyant analiz edildi ve bunların tümü Tablo 2 ila 5'teki her modelde yer almaktadır. | Tablo 2 ila 5, sayfa 529 ila 531 | Bildirilen |
| 17c Ayrıntılı sonuçlara erişilebilen yer STREGA eklentisi | Makalede başka yerlerde elde edilen sonuçlara atıfta bulunulmadığı ve tablolarında tüm sonuçlar yer aldığı için geçerli değildir. | Uygulanamaz | Uygulanamaz |
| Hedeflere karşı elde edilen 18 temel sonuç | Tartışma bölümünün ilk paragrafı, her üç lokustaki ilişkileri yeniden ifade eder ve TCF7L2 rs7903146'yı en güçlü sinyal olarak sıralar. | Tartışma, s. 530 | Bildirilen |
| 19. Sınırlamalar, sapmanın yönü ve büyüklüğü ile birlikte. | Beş sınırlama listelenmiştir; bunlar arasında ayarlanmamış modeller, mütevazı bir örneklem ve her üç lokusta da Hardy-Weinberg sapmaları yer almaktadır. Hiçbiri tahminlerin hangi yönde veya ne kadar yanlı olabileceğini belirtmemektedir. | Sınırlamalar, s. 532 | Kısmen bildirildi |
| 20. Genel olarak temkinli yorumlama | Bulgular "bilgilendirici ve hipotez oluşturucu" olarak adlandırılıyor, PPARG sonucu HuGE meta-analiziyle karşılaştırılıyor ve Hardy-Weinberg bulguları değerlendiriliyor. Analizlerin çokluğu tartışılmıyor. | Tartışma, s. 530-532 | Kısmen bildirildi |
| 21 Genelleştirilebilirlik | Tartışma bölümünde Yunanistan'a ait sınırlı kanıtlara değinilmiş ve homojen kohort bir avantaj olarak ele alınmıştır; ancak sonuçların kimlere uygulanabileceği, örneğin çalışma alanlarında toplanan obez Yunan yetişkinlere uygulanıp uygulanamayacağı belirtilmemiştir. | Tartışma, s. 532 | Kısmen bildirildi |
| 22. Finansman ve fon sağlayıcıların rolü | Makalede, açık erişim fonunun HEAL-Link Yunanistan'dan geldiği ve "Bu araştırmanın herhangi bir dış finansman almadığı" belirtiliyor. | Finansman, s. 532 | Bildirilen |
Örnekteki sayım ve rakamlar neyi gösteriyor?
49 satırda toplam sonuç şu şekildedir: 17 Bildirilmiş, 15 Kısmen Bildirilmiş, 5 Bildirilmemiş, 6 Uygulanamaz ve 6 Yargısal Değerlendirme. STREGA'nın eklediği 18 satırdan 6'sı Bildirilmiş, 4'ü Kısmen Bildirilmiş, 3'ü Bildirilmemiş, 2'si Uygulanamaz ve 3'ü Yargısal Değerlendirme'dir. Bu sayılar bu tek makale için geçerlidir ve bir kalite puanı değildir; farklı bir okuyucu bazı Yargısal Değerlendirme satırlarını değiştirebilir.
Güçlü yönleri laboratuvarda ve sonuçların eksiksiz raporlanmasında yatmaktadır. Makale, genotipleme sistemini ve laboratuvarı adlandırıyor, %100 çağrı oranı ve %100 çift uyumluluk veriyor, her varyant için kesin Hardy-Weinberg testlerini raporluyor ve her varyantı her genetik modelle gösteriyor. Eksiklikler ise STREGA'nın en spesifik olduğu noktalarda, yani çalışma boyutu, çoklu karşılaştırmalar, akrabalık, popülasyon tabakalaşması ve genotiplemeden önceki aşama sayımlarında bulunmaktadır.
Aritmetiği kontrol ettik
Basılı tablolardaki kontrol ve vaka genotip sayımlarını kullanarak ana sayıları yeniden hesapladık. Aşağıdaki Tablo 4, basılı değerleri sonuçlarımızın yanına koymaktadır. Temel sonuçlarda uyum yakındır, ancak bir noktada farklılık göstermektedir.
Tablo 4. Örnekteki sayılar, basılı tablolardan yeniden hesaplanmıştır. Aritmetik işlemler bize aittir.
| Kontrol | Makalede basılı olarak yer almaktadır. | Yeniden hesaplamamız | Sonuç |
|---|---|---|---|
| Makalenin 3. Tablosundaki Genotip Sütunları | 136 kontrol ve 121 vaka | Her üç varyant için de 136 ve 121. | Maç |
| Ki-kare p değerleri, makale Tablo 3 | 0.001'in altında; 0.006; 0.001'in altında | 0.001'in altında (4.3e-9); 0.0058; 0.001'in altında (5.9e-5) | Maç |
| Kontrol grubundaki kesin Hardy-Weinberg p değerleri, makale Tablo 2 | 0.001'in altında; 0.001'in altında; 0.019 | 4.1e-8; 3.6e-18; 0.019 | Maç |
| Beklenen heterozigotlar, makale Tablo 2 | 40.2 (%29.5); 49.4 (%36.3); 46.0 (%33.8) | 40.2 (%29.5); 49.5 (%36.4); 45.6 (%33.6) | FTO ve PPARG için küçük farklılıklar, kesin p değerleri açısından önemsizdir. |
| Toplamsal olasılık oranları, makale Tablo 4 | 2.66 (1.92 ila 3.68); 1.52 (1.14 ila 2.03); 1.98 (1.41 - 2.77) | Aynı durum, Tablo 3'teki sayılara lojistik regresyon uygulanarak da elde edilmiştir. | Maç |
| Baskın ve çekinik olasılık oranları, makale Tablo 4 | Örneğin, TCF7L2 resesif için altı tahmin 5.88 (3.08 ila 11.22) şeklindedir. | Aynı şekilde, Tablo 3'teki sayımlarda 2x2 tablolar kullanılarak da aynı işlem yapılır. | Maç |
| Makaledeki Tablo 5'teki grup toplamları (n = 47 ve n = 89 başlıkları altında) | TCF7L2 47 ve 89 | TCF7L2 47 ve 89; FTO 52 ve 84; PPARG 49 ve 87 | FTO ve PPARG ile uyumlu değil. |
| Ki-kare p değerleri, makale Tablo 5 | 0.786, 0.978, 0.912 | 0.786; 0.978; 0.912, basılı sayılar kullanılarak | Sayımlar basıldığı gibi eşleşiyor. |
Makalenin 5. Tablosundaki sonuç dikkatli incelenmelidir. Basılı sayılar, basılı p değerlerini tekrarlamaktadır; bu nedenle tutarsızlık, üç varyanttan ikisi için ya sütun başlıklarında ya da sayılarda bulunmaktadır. Genotipleme 257 katılımcının tamamı için tamamlanmıştır, bu nedenle aynı kişilerin her varyant için aynı iki HbA1c grubunu doldurması gerekir ve makale tek başına hangi rakamın kastedildiğini belirtmemize izin vermemektedir. Bunu bir yöntem hatası olarak değil, uzlaştırılması gereken bir nokta olarak belirtiyoruz.
Okuyucunun fark edeceği tutarsızlıklar
- Makale Tablo 4, Notlar sütununda üç satırı "Birincil model; ayarlanmamış" olarak etiketliyor; bunlar sırasıyla TCF7L2 resesif, FTO dominant ve PPARG resesif satırlarıdır. Dipnotta ise "Toplayıcı (alel başına) model önceden belirlenmiş birincil analizdir; dominant ve resesif modeller ikincildir" ifadesi yer almaktadır. Baskı halinde, etiketler dipnot ve Yöntemler ile çelişmektedir.
- Yukarıda belirtildiği gibi, Tablo 5'teki grup toplamları üç varyant arasında uyuşmamaktadır.
- Yöntemler bölümündeki "Revize edilmiş rapor STREGA kılavuzuna uygun olarak hazırlanmıştır" ifadesi 19 numaralı referansı taşır; bu referans, referans listesinde Amerikan Diyabet Birliği Bakım Standartları'dır, STREGA makalesi ise 15 numaralı referanstır.
- Tartışma bölümünde kalite kontrol verilerinin "bu lokusların keşifsel bir analizde tutulmasını desteklediği" belirtilirken, Sınırlamalar bölümünde ise her üç varyantta da Hardy-Weinberg sapmalarının "genotipleme geçerliliği, örnekleme etkileri veya popülasyon yapısı ile ilgili endişeler" yarattığı ifade edilmektedir. Her iki ifade de açık ve dürüsttür ve okuyucunun olasılık oranlarını okurken bunları birlikte değerlendirmesi gerekir.
Bu örnekten çıkarılacak beş habercilik dersi
Laboratuvarı, 8b maddesinin istediği şekilde tanımlayın.
Örnek, adlandırılmış bir platform, adlandırılmış bir laboratuvar, %100 çağrı oranı ve örneklerin yaklaşık %10'unun çift genotiplemesi ile kalite kontrolü açısından güçlüdür. Yine de çağrı yazılımı ve sürümü, DNA'nın depolanması ve partiler veya vakalar ile kontrollerin birlikte genotiplenip genotiplenmediği hakkında herhangi bir açıklama içermemektedir. Bunlar, STREGA'nın istediği kısa cümlelerdir çünkü vakalar ve kontroller arasında farklı yanlış sınıflandırma, genotiplemenin kendisi mükemmel olsa bile DNA depolama, toplama veya işleme farklılıklarından kaynaklanabilir [1].
Tartışmadan önce Hardy-Weinberg ayrılıklarının ne anlama geldiğine karar verin.
12f maddesi, dengenin dikkate alınıp alınmadığını ve nasıl alındığını soruyor ve örnek bunu kesin bir testle açıkça yanıtlıyor [4] . STREGA yazarları, sapmalara izin verecek herhangi bir prosedürün de açıklanması gerektiğini ve büyük platformlar için varyantları dışlamak için kullanılan eşiğin belirtilmesi gerektiğini ekliyor [1] . Örnekte, üç varyantın tümü kontrollerde dengeden sapıyor ve bunlardan ikisi için heterozigot eksiklikleri işaretleniyor. Okuyucunun, bu durumda ne yapılacağını, örneğin testin yeniden kontrol edilmesi veya analizin varyantla ve varyantsız olarak çalıştırılması gibi, Yöntemler bölümünde görmesi gerekiyor, çünkü Tartışma bölümü daha sonra tüm yorumu içermelidir.
Cevap "yok" olsa bile, çokluk ve tabakalaşma hakkında bir şeyler söyleyin.
12h, 12i ve 16d satırları, yazarlara neredeyse hiçbir maliyeti olmayan tek satırlık ifadelerdir. Üç varyant ve üç genetik model dokuz ilişki tahmini verir ve makale ne bir düzeltme ne de düzeltme yapılmamasının nedenini belirtir. Çalışma kaydına göre tek bir soy ile sınırlandırılarak tabakalandırma yapılır; bu, STREGA yazarlarının soyun nasıl belirlendiğiyle birlikte belirtilmesini isteyeceği meşru bir seçimdir. Hiçbir düzeltme ve tabakalandırma yönteminin uygulanmadığını ve nedenini belirten bir cümle, maddeyi karşılar.
Çalışma büyüklüğünün aşama sayılarını ve dayanaklarını belirtin.
Makale, nihai grup boyutlarını ve genotipleme başarı oranını veriyor; ancak yaklaşılan, uygun veya dışlanan sayıları ya da 257'nin nasıl seçildiğini belirtmiyor. Bu üç bilgi, okuyucunun seçimi ve gücü değerlendirmesine olanak tanır ve bunlar genellikle bir akış diyagramının içeriğini oluşturur. Aşağıda listelenen ücretsiz akış diyagramı oluşturucumuz, sayımlardan bir STROBE diyagramı çizer.
Her etiket, toplam ve alıntı sayısının birbiriyle uyumlu olduğundan emin olun.
Örnekteki birkaç gerçek tutarsızlık küçük ayrıntılardan ibarettir; bunlar bir tablodaki Notlar etiketleri, diğerindeki grup toplamları ve yanlış referansa işaret eden bir alıntı numarasıdır. Bunların hiçbiri olasılık oranlarını değiştirmez ve her biri editörlerin ve hakemlerin ilk kontrol ettiği türden ayrıntılardır. Özet, tablolar, metin ve referans listesi arasında her sayım, etiket ve referans numarasının karşılaştırıldığı bir tutarlılık kontrolü bir saatten kısa sürer.
Kendi STREGA Kontrol Listenizi Nasıl Tamamlarsınız?
Açık erişimli makaledeki STREGA tablosundan başlayın; yazarlar bu tabloyu destekleyici bilgilerdeki düzenlenebilir bir dosya olan Tablo S1 olarak da sunmaktadır [1] . Her bir madde için bir satır ekleyin, yanına makalenin ilgili bölümünü veya sayfasını yazın ve geçerli olmayan her satıra bir gerekçe yazın. Ardından, her biri Yöntemler veya Sonuçlar bölümüne sığacak kadar kısa olan genetik paragrafları aşağıya yazın.
- Laboratuvar paragrafı. DNA'nın kaynağı ve saklanması, genotipleme yöntemi ve platformu, çağrı algoritması ve sürümü, laboratuvar, çağrı ve hata oranları, gruplar arası karşılaştırılabilirlik ve genotiplerin birlikte mi yoksa toplu olarak mı atandığı.
- Hardy-Weinberg kararı. Kullanılan test, uygulandığı grup, varyantları dışlamak için kullanılan eşik değer, her varyantın sonucu ve bir varyantın eşik değerinden sapması durumunda yapılan işlemler.
- Tabakalaşma cümlesi. Soy geçmişine dair mevcut bilgiler, bu bilgilerin nasıl elde edildiği ve tabakalaşmayı değerlendirmek veya ele almak için kullanılan yöntem ya da hiçbir yöntemin kullanılmadığına dair bir açıklama.
- Çoklu cümle. Kaç varyant ve model test edildi ve eşik değerinin ayarlanıp ayarlanmadığı ve nasıl ayarlandığı.
- Sayılar. Genotipleme denemesi yapıldı ve başarıyla tamamlandı; vaka ve kontrol grupları için genotip kategorisine göre sayılar ve bunlardan önceki aşamalar.
- Çoğaltma ifadesi. Çalışmanın ilk rapor mu, tekrarlama çalışması mı yoksa her ikisi birden mi olduğu ve ilgili durumlarda tekrarlama kriterlerinin de belirtilmesi gerekmektedir.
Tasarım kılavuzuna öncelikle ihtiyaç duyan yazarlar STROBE kılavuzumuzu kullanabilir ve resmi STREGA sayfası EQUATOR Network sitesinde listelenmiştir . Orijinal STROBE bildirisi de açık erişimlidir [6] ve STROBE web sitesi her tasarım için kontrol listelerini içermektedir (STROBE bildirisi sitesi).
STREGA kontrol listesiyle ilgili sık yapılan hatalar
- Çalışmanın "STREGA'yı takip ettiğini" yazdı ancak kontrol listesini veya maddelerin yerlerini belirtmedi.
- Yöntem, platform veya laboratuvar belirtilmeden çağrı oranının raporlanması.
- Hardy-Weinberg dengesini test edip, sonuçtan veya bunun analiz için ne anlama geldiğinden hiç bahsetmemek.
- Çoklu test olasılığı belirtilmeden birçok varyant veya modelin test edilmesi.
- Sadece nihai grup büyüklüklerini veriyor, yaklaşılan, dışlanan ve genotiplendirilen sayıları ise dışarıda bırakıyor.
- Tablo etiketlerini, grup toplamlarını ve kaynak numaralarını metinle uyumsuz bırakmak.
Editverse'den Ücretsiz Araştırma Araçları
- GraphProYayınlanmaya hazır 25 farklı grafik oluşturun; t-testi, ANOVA, korelasyon ve ki-kare p-değerleri özellikleriyle birlikte. Ücretsiz, kayıt gerekmez.
- StatProGrup karşılaştırmaları, kategorik sonuçlar, olay zamanı analizi ve tanısal doğruluk konularını kapsayan ücretsiz istatistiksel hesap makineleri ve test seçme aracı.
- Akış Şeması ProPRISMA 2020, PRISMA-ScR, CONSORT, STROBE, STARD, MOOSE ve ARRIVE akış diyagramlarını doğrudan tarayıcınızda oluşturun.
Genetik Dernek Makalesi İçin Profesyonel Destek
Bir kontrol listesi, çalışmanın halihazırda neler içerdiğini kaydeder; bu nedenle planlama aşaması, yazma aşaması kadar önemlidir. Vaka ve kontrol gruplarının nasıl seçileceği, numunenin nasıl alınacağı ve laboratuvar çalışmalarının nasıl raporlanacağı gibi sorular, veri toplamadan önce daha kolay çözülebilir. Editverse'ün iki hizmeti bu iki aşamaya karşılık gelir. Biri tasarım için metodoloji danışmanlığıdır. Diğeri ise referans listesinin doğrulanmasıyla birlikte tamamlanmış el yazmasının kapsamlı düzenlenmesidir. Editverse düzenleme ve yazma desteği, ICMJE , COPE ve GPP 2022 ile ve kurumunuzun ve ülkenizin etik gereklilikleriyle uyumludur [7] [8].
Metodoloji danışmanlığı
$400
Araştırma tasarımı incelemesi, örnekleme, veri toplama ve geçerlilik konularını kapsayan, doktora derecesine sahip metodologlarla üç adet 45 dakikalık oturum ve yazılı bir metodoloji çerçevesi. 4 ila 6 hafta içinde planlanmıştır.
Gelişmiş düzenleme
$550
İçerik düzenleme, bilimsel dil düzeltme, APA, AMA veya Vancouver stili düzenleme ve kaynakça doğrulama. Sabit ücret, 7 ila 10 iş günü, bir ücretsiz revizyon hakkı.
Eğer sorunuz, kamuya açık GWAS özet istatistiklerinin yanıtlayabileceği nedensel bir soruysa, Mendelian randomizasyon çalışma paketi bir STROBE-MR kontrol listesi içermektedir.
Sonuç
STREGA kontrol listesi, 22 STROBE maddesinin tamamını korur ve bunlardan 12'sine genetik metin ekler; böylece okuyucu DNA'nın nasıl işlendiğini, kaç örneğin genotiplendiğini, genotip sayılarının dengeye uygun olup olmadığını, soy geçmişinin nasıl ele alındığını ve kaç varyantın test edildiğini değerlendirebilir. Gerçek bir açık erişimli vaka-kontrol çalışmasına uygulandığında, adlandırılmış bir platform ve laboratuvar, tam çağrı oranı, tekrarlanan genotipleme ve her model altında gösterilen her varyant ile iyi bir raporlamanın nasıl olması gerektiğini gösterir. Ayrıca, dikkatli bir makalenin bile nerede boşluklar bıraktığını, yani çalışma boyutu, çokluk, akrabalık, tabakalaşma ve aşama sayımlarını ve küçük tutarsızlıkların nerede ortaya çıktığını gösterir. Göndermeden önce tabloyu tamamlayın, geçerli olmayan her satıra bir neden yazın ve son düzeltmelerde her sayımı, etiketi ve alıntı numarasını kontrol edin.
STREGA Kontrol Listesi Hakkında Sıkça Sorulan Sorular
STREGA kontrol listesinde kaç madde var?
2009 tarihli açıklamaya göre, STROBE kontrol listesinin 22 maddesini koruyor ve bunlardan 12'sine genetiğe özgü metin ekliyor. Bizim sayımımıza göre, yeni alt maddeler 12f ila 12j, 16d, 17b ve 17c dahil olmak üzere eklemeler toplam 18 satırdan oluşuyor.
STREGA kontrol listesi STROBE'un yerini mi alıyor?
Hayır. Bu bir eklenti ve STREGA tablosu, genetik eklemelerin yanı sıra STROBE ifadesini de içeriyor, bu nedenle tamamlanmış bir tablo her ikisini de kapsıyor.
STREGA kontrol listesi genom çapında ilişkilendirme çalışmaları için de geçerli midir?
Evet. Yazarlar, genom çapındaki çalışmalara doğrudan değiniyorlar; örneğin, varyantları dışlamak için kullanılan eşik değerlerini ve birçok varyant test edildiğinde incelenen tüm varyantların özetini istiyorlar.
STREGA kontrol listesi Mendel rastgeleleştirmesi için kullanılıyor mu?
Hayır. Mendel rastgeleleştirme çalışmaları için 20 maddeden oluşan STROBE-MR adlı kendi kılavuzu mevcuttur.
STREGA kontrol listesi bir kalite puanı mıdır?
Hayır. Bu, raporlamanın eksiksiz olup olmadığını kaydeder ve çalışmanın kalitesini değerlendirmez. Raporlanan ve raporlanmayan satır sayıları bir makaleyi tanımlar ve bir ölçeğe dönüştürülmemelidir.
Resmi STREGA kontrol listesi nerede bulunabilir?
Bu bildiri, PLoS Medicine'de CC0 lisansı altında açık erişimle yayınlanmıştır; destekleyici bilgilerde tablonun düzenlenebilir bir sürümü de bulunmaktadır ve EQUATOR Network sitesinde listelenmiştir.
Örnek sınav kağıdında en sık hangi konu atlanmıştı?
Örnek çalışmamızda en belirgin eksiklikler, çalışma büyüklüğünün temeli, çoklu karşılaştırmalar, akrabalık ilişkileri, genotipleme öncesi evre sayımları ve popülasyon tabakalaşmasının ele alınması konularında görüldü.
Referanslar
- Little J, Higgins JPT, Ioannidis JPA, Moher D, Gagnon F, von Elm E, ve diğerleri. Genetik İlişki Çalışmalarının Raporlanmasının Güçlendirilmesi (STREGA): STROBE bildirisinin bir uzantısı. PLoS Med. 2009;6(2):e1000022. doi:10.1371/journal.pmed.1000022. PMID: 19192942. PMCID: PMC2634792. CC0. Yayıncı sayfası.
- Kalesis K, Roidos P, Nikolopoulos V, Katsiki N, Kotsa K, Koufakis T. Obezitenin genetik arka planı: vaka-kontrol çalışması. Hormonlar (Atina). 2026;25(2):527-33. doi:10.1007/s42000-026-00790-3. PMID: 42230483. PMCID: PMC13582106. CC BY 4.0. Yayıncı sayfası.
- Nedovic D, Panic N, Pastorino R, Ricciardi W, Boccia S. Yayınlanmış genetik ilişki çalışmaları raporlama kalitesine ilişkin Genetik İlişki Çalışmalarının Raporlanmasının Güçlendirilmesi (STREGA) bildirisinin onaylanmasının değerlendirilmesi. J Epidemiol. 2016;26(8):399-404. doi:10.2188/jea.JE20150173. PMID: 27349199. PMCID: PMC4967660. Sadece olgular alıntılanmıştır. Yayıncı sayfası.
- Wigginton JE, Cutler DJ, Abecasis GR. Hardy-Weinberg dengesinin kesin testleri üzerine bir not. Am J Hum Genet. 2005;76(5):887-93. doi:10.1086/429864. Yayıncı sayfası.
- Skrivankova VW, Richmond RC, Woolf BAR, Yarmolinsky J, Davies NM, Swanson SA ve diğerleri. Mendel rastgeleleştirmesi kullanılarak epidemiyolojide gözlemsel çalışmaların raporlanmasının güçlendirilmesi (STROBE-MR). JAMA. 2021;326(16):1614-21. doi:10.1001/jama.2021.18236.
- von Elm E, Altman DG, Egger M, Pocock SJ, Gotzsche PC, Vandenbroucke JP. Epidemiyolojide Gözlemsel Çalışmaların Raporlanmasının Güçlendirilmesi (STROBE) bildirisi: gözlemsel çalışmaların raporlanmasına ilişkin kılavuzlar. PLoS Med. 2007;4(10):e296. doi:10.1371/journal.pmed.0040296.
- Uluslararası Tıp Dergisi Editörleri Komitesi. Tıp Dergilerinde Bilimsel Çalışmaların Yürütülmesi, Raporlanması, Düzenlenmesi ve Yayınlanmasına İlişkin Tavsiyeler. icmje.org/recommendations adresinden ulaşılabilir.
- DeTora LM, Toroser D, Sykes A, Vanderlinden C, Plunkett FJ, Lane T ve diğerleri. Şirket destekli biyomedikal araştırmalar için İyi Yayın Uygulamaları (GPP) kılavuzları, 2022 güncellemesi. Ann Intern Med. 2022;175(9):1298-1304. doi:10.7326/M22-1460. PMID: 36037471.
