孟德尔随机化研究

描述

孟德尔随机化研究

一项基于公开的全基因组关联分析汇总统计数据构建的双样本孟德尔随机化研究，按照期刊在孟德尔随机化方法变得简单易用后开始强制执行的标准执行。这种转变正是这项服务的核心所在。软件免费，数据公开，导致大量缺乏敏感性分析的单暴露、单结果论文涌现，编辑部现在对这类论文一眼就拒。只有那些对每个假设都进行检验并报告结果的版本才能通过审稿。

对这种方法不熟悉？请先阅读我们的解释文章，了解什么是孟德尔随机化、何时使用它、如何进行孟德尔随机化，以及因果推断的工具变量方法的背景知识。

何时进行这项研究才是正确的选择

当存在可改变的暴露因素（已通过统计效能充足的全基因组关联研究[GWAS]进行验证）、结局指标（已通过独立的、统计效能充足的GWAS进行验证）以及该暴露因素可能导致结局指标的合理生物学原因时，孟德尔随机化（MR）是合适的工具。它尤其适用于随机试验在伦理或实践上无法解答的问题，例如终生暴露于生物标志物、营养素或身体成分指标，以及在昂贵的药物研发之前对药物靶点进行筛选。

当暴露因素缺乏强有力的遗传工具变量、暴露因素和结局的全基因组关联研究（GWAS）样本重叠、暴露因素高度多基因且生物学特异性不高，或者答案已确定时，孟德尔随机化（MR）就不适用。MR估计的是终生平均效应，而非生命中某一时刻干预措施的效应，审稿人也越来越坚持要求论文明确指出这一点。

分析实际是如何进行的

工具变量法的三个假设——相关性、独立性和排除性约束——无法全部得到证实。一篇可信的孟德尔随机化论文会尽可能地检验每个假设，并在无法检验的情况下如实报告。

• 仪器选择已明确且有理有据。 – 全基因组显著性变异，在设定的连锁不平衡阈值和窗口下进行独立性分组，并注明参考面板。当常规阈值下工具变量过少时，仅使用放宽的阈值，并量化由此产生的弱工具变量偏差。
• 仪器强度量化 – 每个工具变量和总体的 F 统计量，以及解释的暴露方差比例。在双样本孟德尔随机化 (MR) 中，弱工具变量会使结果偏向零假设；在存在样本重叠的情况下，它们会使结果偏向受混杂因素影响的观察估计值。以上结果均已报告，未作解释。我们针对此问题进行了 18,000 次模拟研究：参见 F统计量究竟告诉了你什么.
• 精心完成的协调工作 – 效应等位基因在各研究中进行比对，中等等位基因频率的回文变异被解析或剔除，并报告每一步剔除的变异数量。沉默链错误是孟德尔随机化结果无法重复的主要原因。
• 四个估算者，而不是一个。 – 主要方法采用逆方差加权法，敏感性分析方法包括 MR-Egger 法、加权中位数法和加权众数法。这些方法对多效性做出了不同的假设；它们之间的一致性即为证据，分歧会被报告而非掩盖。我们的模拟研究旨在…… 这四种估算方法各自究竟能保护你免受什么影响以及它们各自断裂的地方。
• 定向多效性测试 – MR-Egger 截距及其解释，加上 NOME 假设的 I-squared-GX 统计量，因为低值会使 Egger 估计本身不可靠。
• 正式检测到的异常值 – MR-PRESSO 全球测试、异常值测试和失真测试，并报告去除异常值前后的结果。
• 异质性量化 – Cochran's Q 采用留一分析法，因此没有单一变异导致该结果。
• 排除反向因果关系 – Steiger 滤波以确认每个仪器解释的暴露差异比结果差异更大，加上双向 MR，其中方向确实存在疑问。
• 仪器 PheWAS – 每个工具都与表型组关联资源进行比对，以寻找导致结果的其他途径。这正是发现排除限制性违规行为的关键所在，也是大多数提交的孟德尔随机化论文所忽略的步骤。
• 独立重复 – 在存在的情况下，对来自不同队列的第二个结果 GWAS 重复进行分析。
• 祖源匹配 – 暴露和结果 GWAS 来自同一祖先群体，并明确考虑了群体分层。

你收到什么

• 完整稿件 – 按照目标期刊的STROBE-MR报告标准撰写
• 全套人偶 – 包含所有估计量斜率的散点图、每个工具变量效应的森林图、漏斗图和留一法交叉验证图，以出版质量的向量输出形式呈现
• 仪表台 – 每个变异位点均包含效应大小、标准误差、效应等位基因频率、F 统计量和 PheWAS 注释
• 完整分析代码 – 使用 TwoSampleMR 和 MRPRESSO 的 R 语言，已添加注释，并可根据公开的汇总统计数据完整运行。
• 已完成 STROBE-MR 清单
• 作者要求的一轮修改

不包含的内容

我们不代写论文。您负责提出假设、审核生物学解释并拥有最终结论的所有权。我们不进行个体水平的基因分析、您自身队列的全基因组关联分析（GWAS），或任何需要您本人授权访问受限生物样本库的操作。我们不替您投稿，也不保证论文会被接收。如果因果估计值为零，则论文会报告为零结果；精心设计的零假设孟德尔随机化（MR）是可以发表的，我们会按此方式撰写。

我们会何时建议你不要购买此产品

如果您的暴露因素对应的独立全基因组显著性工具变量少于大约十个，则分析效力不足，敏感性估计值将无法提供有效信息。如果唯一可用的暴露因素和结局GWAS研究共享大量样本，则结果将存在偏差，且任何方法都无法修正。如果相同的暴露-结局组合已基于相同的汇总统计数据发表，则重复研究并无意义。我们在开始研究前会检查工具变量数量、F统计量、样本重叠情况以及现有文献，可行性与方案评估正是用于此目的。

资料存取

公开的GWAS汇总统计数据。我们直接从标准数据库获取这些数据，无需您提交任何申请或安排。如果某个联盟需要您提交一份简短的数据请求，我们会事先告知您是否需要您的签名。

时间线

标准交付时间为自双方商定的分析计划之日起15 个工作日。多变量、双向和共定位扩展分析所需时间更长；如果您的扩展分析需要更长时间，我们会在您付款前告知。

常见问题

如果估计方法的结果不一致怎么办？这本身就是一种发现，而非失败。IVW 方法与多效性稳健方法之间的差异可以说明工具变量的一些问题，而本文对此进行了报告和解释。

你们能做药物靶点孟德尔随机化分析吗？可以。分析工具仅限于编码靶点的基因区域，并通过共定位分析来确认是否存在共同的致病变异。这项服务单独报价。

孟德尔随机化研究（MR）是强有力的证据吗？它的证据强度高于传统的观察性流行病学研究，但低于随机对照试验。请参阅我们的临床研究证据等级指南。

我的磁共振论文被编辑直接拒稿了。你们能帮我挽救一下吗？通常可以。这个领域的大多数拒稿都是因为缺少敏感性分析，而不是核心结果错误。把稿件发过去吧。

扩展范围

多变量 MR（用于相关暴露、中介 MR、共定位、药物靶点 MR 和非线性 MR）的报价通常为 3,500 美元起。请参阅扩展和多数据库注册研究。

先问个问题？

如果您不确定这是否适合您的研究问题，请在购买前咨询。请在下方提交您的问题，我们的高级分析师将在一个工作日内回复。咨询完全免费，如果您发现其他产品更适合您，或者我们无法提供帮助，我们也会如实告知。