Nai-publish
Ang checklist ng STREGA ay ang gabay sa pag-uulat para sa mga pag-aaral ng genetic association. Ang pangalan ay nangangahulugang PAGPAPALAKAS ng Pag-uulat ng mga pag-aaral ng Genetic Association, at inilathala ito nina Little at mga kasamahan noong 2009 bilang isang pagpapalawig ng pahayag ng STROBE [1] . Ang STROBE ay may 22 aytem, at ang STREGA ay nagdadagdag ng tekstong partikular sa genetics sa 12 sa mga ito [1] . Ang mga karagdagan ay tumatalakay sa mga problemang bihirang lumitaw sa iba pang mga disenyo ng obserbasyon, tulad ng error sa genotyping, population stratification, Hardy-Weinberg equilibrium at ang malaking bilang ng mga variant na maaaring masuri.
Karamihan sa mga gabay ay humihinto sa paglilista ng mga aytem. Ang gabay na ito ay higit pa rito. Pagkatapos ng checklist mismo, inilalapat namin ang bawat hilera ng STREGA sa isang tunay na open-access case-control study, na inilathala sa journal na Hormones noong 2026, na nagsasaad na sinusundan nito ang STREGA, kasama ang seksyon ng artikulo sa tabi ng bawat hatol [2] . Ang pangangailangan ay dokumentado. Sinuri nina Nedovic at mga kasamahan ang 160 journal sa genetics at heredity at natuklasan na 29 (18.1%) lamang ang sumangguni sa STREGA sa kanilang mga tagubilin para sa mga may-akda, at ang pagsunod sa checklist ay mas mataas nang malaki sa mga journal na nag-endorso nito [3].
Sa Simpleng Salita
Ang STREGA checklist ay ang STROBE checklist na may mga karagdagang linya para sa genetics. Pinapanatili nito ang lahat ng 22 item ng STROBE at nagdaragdag ng teksto ng genetics sa 12 sa mga ito. Ang mga karagdagang linya ay nagtatanong kung paano kinolekta at na-genotype ang DNA, ilang sample ang nabigo, kung ang mga bilang ng genotype ay akma sa Hardy-Weinberg equilibrium, paano pinangasiwaan ang ancestry, ilang variant ang sinubukan, at kung ang pag-aaral ay isang unang ulat o isang replikasyon. Sagutin ang bawat isa sa isa o dalawang pangungusap sa Methods o Results, sabihin nang malinaw kung kailan hindi naaangkop ang isang item, at tiyaking ang bawat bilang ay sumasang-ayon sa abstract, mga talahanayan at teksto.
Ano ang STREGA Checklist at Paano Ito Nauugnay sa STROBE
Ang STREGA ay ang genetic counterpart ng STROBE guideline para sa mga observational studies, na buong ipinaliwanag ng aming STROBE guide . Isang multidisciplinary group ang bumuo nito mula sa isang literature review, mga workshop presentation at discussion, at paulit-ulit na electronic correspondence. Tatlumpu't tatlo sa 74 na imbitado ang dumalo sa isang workshop sa Ottawa noong Hunyo 2006, kabilang sa kanila ang mga epidemiologist, geneticist, statistician, journal editor at mga graduate student [1] . Ang pahayag ay lumabas noong 2009 sa ilang journal, at ang bersyon ng PLoS Medicine ay inilabas sa ilalim ng Creative Commons CC0 dedication, kaya ang mga salita nito ay malayang magagamit muli [1].
Sinasabi ng mga may-akda na ang kanilang mga rekomendasyon ay hindi nilayon upang suportahan o tutulan ang anumang partikular na disenyo o pamamaraan ng pag-aaral. Ang layunin ay ang pagiging transparency at pagkakumpleto sa pag-uulat ng kung ano ang nagawa at natuklasan [1] . Samakatuwid, ang isang checklist na ganito ay nagtatala kung mahahanap ng isang mambabasa ang impormasyon, at hindi nito binibigyang-halaga kung gaano kahusay ang pag-aaral. Ang kakulangan sa pag-uulat na tinatarget nito ay nakita nang maaga. Binanggit ng mga may-akda ang isang pagtatasa ng isang random na sample ng 315 na pag-aaral ng genetic association na inilathala mula 2001 hanggang 2003, kung saan ilang pag-aaral lamang ang naglarawan ng mga pamamaraan upang mapatunayan ang genotyping [1].
Mga Aytem sa Checklist ng STREGA ayon sa Seksyon ng Manuskrito
Isinasalarawan sa Talahanayan 1 ang 22 aytem at ipinapakita kung ano ang idinaragdag ng STREGA sa bawat isa, na pinagsama-sama ayon sa seksyon ng manuskrito kung saan nabibilang ang sagot. Atin ang mga salita, at ang orihinal na teksto ay nasa Talahanayan 1 ng open-access na papel [1] . Sa aming bilang, ang mga karagdagan ay umaabot sa 18 dagdag o pinahabang linya sa 12 aytem, kung saan ang pinakamabigat na pasanin ay nasa aytem 12, ang mga istatistikal na pamamaraan.
Talahanayan 1. Ang 22 aytem ng STROBE at ang mga karagdagan ng STREGA, hinango mula kay Little et al., 2009 (CC0).
| Bagay | paksa | Pangunahing tanong, ipinakahulugan | Dagdag na STREGA, ipinakahulugan |
|---|---|---|---|
| 1 | Pamagat at abstract | Pangalanan ang disenyo gamit ang isang karaniwang termino sa pamagat o abstrak, at magbigay ng isang nakapagtuturo at balanseng abstrak. | Wala |
| 2 | Background at katwiran | Ipaliwanag ang siyentipikong batayan at katwiran. | Wala (ang katwiran para sa mga napiling gene at variant ay hinihingi sa ilalim ng item 7) |
| 3 | Layunin | Maglahad ng mga tiyak na layunin, kabilang ang anumang paunang natukoy na mga hipotesis. | Sabihin kung ang pag-aaral ay isang unang ulat ng isang kaugnayan, isang replikasyon, o pareho. |
| 4 | Disenyo ng pag-aaral | Ipakita nang maaga ang mga pangunahing elemento ng disenyo. | Wala |
| 5 | Pagtatakda ng | Magbigay ng tagpuan, mga lokasyon, at mga kaugnay na petsa. | Wala |
| 6 | Mga Kalahok | Magbigay ng mga pamantayan sa pagiging karapat-dapat, mga mapagkukunan at mga pamamaraan ng pagpili, at mga detalye ng pagtutugma para sa mga pinagtugmang pag-aaral. | Ilarawan kung paano pinili ang mga subset nang ang mga kalahok ay nagmula sa isang mas malaking pag-aaral. |
| 7 | Variable | Tukuyin ang mga kinalabasan, pagkakalantad, tagahula, tagapagsalungat at tagapagpabago ng epekto. | Tukuyin ang mga genetic variant na may malawakang ginagamit na nomenklatura, at pangalanan ang mga baryabol na malamang na nauugnay sa stratifikasyon ng populasyon. |
| 8 | Mga mapagkukunan ng datos at pagsukat | Ibigay ang mga pinagmulan at pamamaraan ng pagtatasa para sa bawat baryabol, at ang kanilang kakayahang maihambing sa iba't ibang grupo. | Ilarawan ang gawaing laboratoryo, kabilang ang pinagmulan at imbakan ng DNA, pamamaraan at plataporma ng genotyping, algorithm at bersyon ng pagtawag, mga rate ng error at pagtawag, laboratoryo, paghahambing, at kung ang mga genotype ay itinalaga nang magkakasama o sa mga batch. |
| 9 | Pagkiling | Ilarawan ang mga pagsisikap upang matugunan ang mga potensyal na pinagmumulan ng bias. | Para sa mga kwantitatibong resulta, sabihin kung sinuri ang bias mula sa paggamot sa gamot at kung paano ito pinangasiwaan. |
| 10 | Laki ng pag-aaral | Ipaliwanag kung paano natukoy ang laki ng pag-aaral. | Wala |
| 11 | Mga baryabol na kwantitatibo | Ipaliwanag kung paano pinangasiwaan at pinagsama-sama ang mga kwantitatibong baryabol. | Sabihin kung paano hinarap ang mga epekto ng paggamot, kung naaangkop. |
| 12 | Statistical pamamaraan | Ilarawan ang lahat ng mga pamamaraan, pagsusuri ng subgroup at interaksyon, nawawalang datos, pagtutugma o pagsubaybay sa mga susunod na hakbang, at mga pagsusuri ng sensitibidad. | Ipahayag ang bersyon at mga setting ng software. Idagdag ang Hardy-Weinberg equilibrium (12f), hinuha ng mga genotype o haplotype (12g), population stratification (12h), multiple comparisons (12i) at relatedness (12j). |
| 13 | Mga Kalahok (mga resulta) | Iulat ang mga numero sa bawat yugto, mga dahilan ng hindi pakikilahok, at isaalang-alang ang isang flow diagram. | Iulat kung gaano karaming indibidwal ang sinubukang magsagawa ng genotyping at ilan ang nagtagumpay. |
| 14 | Deskriptibong datos | Magbigay ng mga katangian ng kalahok, bilang ng nawawalang datos, at oras ng pagsubaybay para sa mga cohort. | Isaalang-alang ang pagbibigay ng impormasyon ayon sa genotype. |
| 15 | Datos ng resulta | Iulat ang mga pangyayaring kinalabasan o mga kategorya ng pagkakalantad ayon sa uri ng pag-aaral. | Iulat ang mga kinalabasan o numero ayon sa kategorya ng genotype. |
| 16 | Mga pangunahing resulta | Magbigay ng mga hindi naayos at naayos na pagtatantya nang may katumpakan, mga hangganan ng kategorya, at ganap na panganib kung naaangkop. | Idagdag ang mga resulta ng anumang pagsasaayos para sa maraming paghahambing (16d). |
| 17 | Iba pang mga pagsusuri | Iulat ang iba pang mga pagsusuri tulad ng mga subgroup at mga pagsusuri sa sensitivity. | Ibuod ang mga resulta mula sa lahat ng mga variant na sinuri (17b), at sabihin kung saan maaaring makuha ang detalyadong mga resulta (17c). |
| 18 | Mga pangunahing resulta | Ibuod ang mga pangunahing resulta laban sa mga layunin. | Wala |
| 19 | Mga hangganan | Talakayin ang mga limitasyon, kasama ang direksyon at laki ng anumang pagkiling. | Wala |
| 20 | Interpretasyon | Magbigay ng maingat na pangkalahatang interpretasyon. | Wala |
| 21 | Pagiging pangkalahatan | Talakayin ang panlabas na bisa. | Wala |
| 22 | Pagpopondo | Ibigay ang pinagmumulan ng pondo at ang papel ng mga tagapondo. | Wala |
Ipinapakita ng Figure 1 ang parehong istruktura sa isang sulyap. Labindalawa sa 22 kahon ang may kasamang genetics addition, at ang mga ito ay nagkukumpulan sa Methods at Results, kung saan makikita ang laboratoryo, ang statistics at ang bilang ng kalahok. Ang mga aytem sa Introduction at Discussion, maliban sa aytem 3, ay nananatiling may STROBE wording.
Ang Limang Problema sa Henetiko na Tinatarget ng STREGA
Tinukoy ng mga awtor ng STREGA ang limang larangan na may espesyal na interes na partikular sa, o partikular na may kaugnayan sa, mga pag-aaral ng genetic association [1] . Inilalahad sa Talahanayan 2 ang bawat isa kasama ang aytem na humahawak dito at ang dahilan kung bakit ito mahalaga.
Talahanayan 2. Ang limang pangunahing larangan na may espesyal na interes sa STREGA, hinango mula kay Little et al., 2009.
| Pook | Bakit mahalaga ito | Item | Ano ang iuulat |
|---|---|---|---|
| Mga error sa genotyping | Ang mga error na hindi nagkakaiba ay kadalasang nagdudulot ng bias sa mga asosasyon patungo sa null. Ang sistematikong mga pagkakaiba sa genotyping ayon sa katayuan ng kinalabasan ay maaaring magdulot ng bias sa mga resulta sa anumang direksyon. | 8b, 13a | Ilarawan ang gawaing isinagawa sa laboratoryo at iulat kung ilang genotyping ang sinubukan at nagtagumpay. |
| Pagsasapin-sapin ng populasyon | Lumilitaw ang kalituhan kapag ang mga subpopulasyon ay magkakaiba sa mga frequency ng allele at sa panganib ng sakit at hindi pantay na nakakalat sa mga grupong pinaghambing. | 7b, 12 oras | Iulat ang impormasyon tungkol sa etnisidad at ang mga pamamaraang ginamit upang masuri o matugunan ang stratipikasyon, o sabihin na walang ginamit. |
| Baryasyon ng Haplotype | Karaniwang kailangang mahinuha ang mga haplotype, at iba-iba ang mga pamamaraan. | 12g | Ilarawan kung paano nahinuha ang mga genotype o haplotype, kabilang ang kawalan ng katiyakan, mga bihirang haplotype at software. |
| Hardy-Weinberg ekwilibriyo | Ang paglihis mula sa ekwilibriyo ay maaaring magpahiwatig ng mga pagkakamali sa genotyping o mga kakaibang katangian sa datos. Sa isang pagsusuri ng halos 600 pag-aaral, ang mga resulta ng mga pag-aaral na lumabag sa modelo ay lubhang naiiba sa mga resulta na umakma dito sa lima sa 42 na kaugnayan ng gene-sakit. | 12f | Sabihin kung isinaalang-alang ang ekilibriyo at paano, at, para sa malalaking plataporma, anumang threshold na ginamit upang ibukod ang mga variant. |
| Pagtitiklop | Parami nang parami ang mga ulat na nagpapakita at nagsasama-sama ng ilang pag-aaral sa isang papel. | 3 | Sabihin kung ang pag-aaral ay isang unang ulat, isang replikasyon o pareho, at idokumento ang pamantayan para sa pag-angkin ng replikasyon. |
Inilista ng mga may-akda ang pitong karagdagang isyu, katulad ng pagpili ng mga kalahok, ang katwiran sa pagpili ng mga gene at variant, mga epekto ng paggamot sa mga pag-aaral ng mga quantitative na katangian, mga istatistikal na pamamaraan, pagkakaugnay, pag-uulat ng mga deskriptibo at datos ng kinalabasan, at ang dami ng datos na sinubukan [1] . Ang huli sa mga ito ay pinakamahalaga para sa gawaing pang-genome, kung saan ang isang paghahanap sa daan-daang libong variant ay maaaring asahan na makagawa ng maraming false-positive odds ratio nang hindi sinasadya. Sinasaklaw ng aming gabay sa mga istatistikal na pamamaraan sa genomics ang bahagi ng pagsubok, at ipinapakita ng aming gabay na chi-square ang pagsubok na naghahambing sa mga bilang ng genotype at mga pagsusuri para sa mga paglihis sa ekwilibriyo.
Pagpili sa Pagitan ng STREGA Checklist, STROBE at STROBE-MR
Gamitin ang checklist ng STREGA kapag ang papel ay nag-uulat ng kaugnayan sa pagitan ng isang genetic variant at isang katangian o sakit sa isang cohort, case-control o cross-sectional na disenyo, napili man ang mga variant bilang mga kandidato o na-scan sa buong genome. Kasama sa talahanayan ng STREGA ang mga salitang STROBE, kaya ang isang nakumpletong talahanayan ay sumasaklaw sa pareho. Ang isang papel ng Mendelian randomization ay naiiba, dahil tinatrato nito ang mga genetic variant bilang mga instrumento upang tantyahin ang isang sanhing epekto, at mayroon itong sariling gabay na may 20 aytem, ang STROBE-MR [5] . Ang aming halimbawa ng trabahong STROBE-MR ay nagbibigay ng marka sa isang totoong aytem sa pag-aaral sa parehong paraan tulad ng gabay na ito.
Para sa mismong pamamaraan, magsimula sa aming paliwanag tungkol sa Mendelian randomization , pagkatapos ay basahin kung paano minamarkahan ng F-statistic ang mga mahihinang instrumento, kung ano ang pinoprotektahan ng bawat isa sa apat na estimator sa aming pleiotropy guide , at kung bakit ang power calculation ay kadalasang nagpapasya sa isang desk rejection. Kung hindi ka sigurado kung aling gabay ang akma sa iyong disenyo, gamitin ang disenyo na pinangalanan sa pamagat bilang gabay, kasama ang STREGA para sa mga genetic association studies at STROBE-MR para sa Mendelian randomization. Ang mga tagasuri na nagsasama-sama ng mga genetic association studies ay maaari ring mag-rate ng mga case-control studies gamit ang Newcastle-Ottawa Scale, na isang quality rating tool at hindi isang reporting guideline, kaya ang dalawa ay sumasagot sa magkaibang tanong.
Ang Halimbawa ng Open-Access na Nakuha Namin
Ang artikulong aming nakuha
Pinili namin sina Kalesis at mga kasamahan, na inilathala sa Hormones noong 2026 tungkol sa genetic background ng labis na katabaan sa isang case-control design [2] . Ang papel ay natanggap noong ika-7 ng Oktubre 2025, tinanggap noong ika-24 ng Abril 2026 at inilathala online noong ika-2 ng Hunyo 2026. Nakasaad sa abstrak na "Ang pag-aaral ay isinagawa at iniulat alinsunod sa mga alituntunin ng STREGA.", at binanggit ng artikulo sina Little at mga kasamahan bilang sanggunian nito para sa gabay. Inihambing ng pag-aaral ang 257 Griyegong nasa hustong gulang na may labis na katabaan, 136 na walang type 2 diabetes at 121 na may type 2 diabetes, sa tatlong variant, TCF7L2 rs7903146, FTO rs9939609 at PPARG rs1801282, at nagdagdag ito ng isang pagsusuri ng HbA1c sa loob ng grupong hindi may diabetes.
Ang lisensya ay CC BY 4.0, at tatlong independiyenteng talaan ang sumasang-ayon. Ang talaan ng lisensya ng Crossref para sa bersyon ng talaan ay nagbibigay ng Creative Commons Attribution 4.0 URL na may petsa ng pagsisimula na Hunyo 2, 2026, ang patlang ng lisensya ng Europe PMC ay mababasa ng "cc by", at ang pahayag ng lisensya sa loob ng artikulong XML (JATS) ay pinangalanan ang Creative Commons Attribution 4.0 International License. Inililista rin ng talaan ng open-data ng PMC ang lisensya bilang CC BY at ang artikulo bilang hindi binawi. Dahil ang isang kopya ng PMC ay maaaring magkaiba sa bersyon ng publisher, inihambing namin ang teksto ng katawan ng XML sa typeset PDF na nasa PMC open-data bucket, na naglalaman ng sariling layout ng journal at mga numero ng pahina 527 hanggang 533, at walang nakitang pagkakaiba sa mga salita ng Paraan, Resulta o Talakayan. Ang mga panuto ng pahina sa ibaba ay tumutukoy sa PDF na iyon.
Wala kaming nakitang kumpletong checklist ng STREGA sa mga file ng artikulo, na siyang teksto, pigura, XML at PDF. Ang tanging pigura ay isang forest plot ng mga odds ratio, kaya wala kaming ginawang pigura at ang mga talahanayan ay ibinuod sa aming sariling mga salita.
Paano namin ito nakuha
Ang talahanayan ng STREGA ay may 22 aytem, at ilan ay may mga bahaging may letra, kaya nakakuha kami ng 49 na hanay, bawat isa ay may seksyon o pahina ng artikulo sa tabi nito. Ang mga hanay na idinaragdag ng STREGA sa STROBE ay may mga tag. Ang bawat hanay ay may isa sa limang hatol. Ang "Iniulat" ay nangangahulugang ang impormasyon ay naroroon at malinaw. Ang "Bahagyang Iniulat" ay nangangahulugang ang ilan dito ay naroroon, o ito ay naroroon ngunit hindi pare-pareho. Ang "Hindi Naiulat" ay nangangahulugang wala kaming nakitang anuman. Ang "Hindi naaangkop" ay nangangahulugang ang hanay ay hindi akma sa disenyo, at sinasabi namin kung bakit. Ang "Judgement call" ay nangangahulugang ang mga makatwirang mambabasa ay maaaring magbigay ng marka sa hanay sa alinmang paraan, at ipinapaliwanag namin ang aming nabasa.
Dalawang pag-iingat ang nalalapat. Una, ang STREGA ay isang gabay sa pag-uulat, kaya ang hilerang minarkahan ng Hindi Naiulat ay nangangahulugang hindi namin mahanap ang impormasyon sa artikulo, at maaaring itago ito ng mga may-akda sa ibang lugar. Pangalawa, binibigyan lamang namin ng marka ang ipinapakita ng nailathalang artikulo. Ang mga sipi ay verbatim, hindi hihigit sa 25 salita, at sinusuri laban sa typeset PDF.
Checklist ng STREGA na Inilapat sa Halimbawa, Aytem por Aytem
Talahanayan 3. STREGA na inilapat kay Kalesis et al., Hormones 2026 (CC BY 4.0). Ang mga numero ng pahina at mga sanggunian sa talahanayan sa ikatlong kolum ay tumutukoy sa artikulo, Hormones 2026, tomo 25, isyu 2, pahina 527 hanggang 533.
| Aytem at hilera | Ang iniulat ng artikulo | Kung saan hahanapin | kuru-kuro |
|---|---|---|---|
| 1a Disenyong nakapangalan sa pamagat o abstrak | Ang pamagat ay nagtatapos sa "isang pag-aaral ng case-control" at ang abstrak na mga Paraan ay nagsisimula sa "Sa pag-aaral ng case-control na ito". | Pamagat; Abstrak, pahina 527 | Naiulat |
| 1b Nakapagbigay-kaalaman at balanseng abstrak | Ibinibigay ng abstrak ang sampol (257 nasa hustong gulang, 136 na wala at 121 na may type 2 diabetes), ang tatlong variant, ang plano ng pagsusuri, mga odds ratio na may 95% CI, at dalawang pag-iingat, katulad ng mga hindi na-adjust na modelo at mga pag-alis ng Hardy-Weinberg sa mga kontrol. | Abstrak, pahina 527 | Naiulat |
| 2 Kaligiran at katwiran | Sinusuri ng Introduksyon ang henetika ng type 2 diabetes, mga natuklasan sa buong genome, at mga naunang ebidensya para sa TCF7L2 rs7903146, FTO rs9939609 at PPARG rs1801282. | Panimula, pahina 528 | Naiulat |
| 3a Mga tiyak na layunin at paunang natukoy na mga hipotesis | Ang pangunahing layunin ay ihambing ang dalas ng tatlong variant sa pagitan ng mga napakataba na nasa hustong gulang na wala at may type 2 diabetes, at ang pangalawang layunin ay sumasaklaw sa HbA1c sa grupong hindi diabetic. Ang additive model ay tinatawag na prespecified, ngunit ang artikulo ay walang binabanggit na protocol o registration. | Panimula, huling talata; Pagsusuring istatistikal, pahina 528 hanggang 529 | Naiulat |
| 3b Unang ulat, replikasyon o pareho Pagdaragdag ng STREGA | Hindi sinasabi ng artikulo kung ito ay unang ulat o isang replikasyon. Binanggit sa Talakayan na limitado ang ebidensya mula sa mga populasyon ng Griyego, na nagpapahiwatig ng replikasyon ng mga kilalang loci sa isang bagong populasyon, ngunit ang punto ay iniwang pahiwatig. | Talakayan, huling talata, pahina 532 | Tawag ng paghatol |
| 4 na pangunahing elemento ng disenyo nang maaga | Ang disenyo ng case-control ay nakapangalan sa pamagat, abstrak, katapusan ng Introduksyon at unang pangungusap ng Metodo. | Pamagat; Introduksyon, pahina 528; Populasyon ng Pag-aaral, pahina 528 | Naiulat |
| 5 Tagpuan, mga lokasyon at mga petsa | Ang recruitment ay tumagal mula Mayo 20, 2023 hanggang Mayo 20, 2024, may petsa ng pag-apruba ng etika, at may pangalan ng genotyping laboratory. Nabanggit ngunit hindi pinangalanan ang mga recruitment site, at hindi natukoy ang mga HbA1c laboratory. | Populasyon ng pag-aaral; Klinikal na pagsusuri, p. 528 hanggang 529 | Bahagyang naiulat |
| 6a Pagiging karapat-dapat, mga mapagkukunan at pagpili ng mga kaso at kontrol | Ang mga kaso ay mga nasa hustong gulang na may BMI na higit sa 30 at may napatunayang type 2 diabetes, ang mga kontrol ay mga nasa hustong gulang na may labis na katabaan at walang diabetes, at ang monogenic diabetes o malubhang comorbidity ay hindi isinama. Hindi nakasaad sa artikulo kung paano nasuri ang diabetes, saan nilapitan ang mga kalahok, o kung bakit napili ang control group na ito. | Populasyon ng pag-aaral, pahina 528 | Bahagyang naiulat |
| 6a Pagpili ng mga subset mula sa isang mas malaking pag-aaral Pagdaragdag ng STREGA | Hindi sinasabi sa artikulo kung ang mga kalahok na ito ay nagmula sa isang mas malaking pag-aaral. Ang isang "de-identified analytical dataset" ay binanggit nang walang pinagmulan, kaya ang hilera ay maaaring basahin bilang hindi naaangkop o bilang isang puwang. | Klinikal na pagsusuri, pahina 528 | Tawag ng paghatol |
| 6b Pamantayan sa pagtutugma para sa isang pinagtugmang pag-aaral | Walang inilarawang pagtutugma, at ang karaniwang edad ay nagkakaiba ng apat na taon (50 at 54), na akma sa isang walang kaparis na disenyo. | Populasyon ng pag-aaral; Talahanayan 1, pahina 528 hanggang 529 | Hindi naaangkop |
| 7a Mga kahulugan ng mga kinalabasan, pagkakalantad at mga nakakalito | Ang labis na katabaan (BMI na higit sa 30), katayuan sa diabetes at ang mga kategorya ng HbA1c (mga threshold ng American Diabetes Association) ay tinukoy. Walang ibinigay na pamantayan sa pagsusuri para sa diabetes, at ang edad, kasarian at BMI ay pinangalanan bilang mga covariate ngunit walang ipinasok na modelo. | Populasyon ng pag-aaral; Klinikal na pagsusuri, p. 528 hanggang 529 | Bahagyang naiulat |
| 7b Mga pagkakalantad sa henetiko sa isang karaniwang katawagan Pagdaragdag ng STREGA | Ang bawat variant ay pinangalanan ayon sa gene at rs number, na may mga label ng genotype tulad ng CC, CT at TT para sa TCF7L2 rs7903146. | Klinikal na pagsusuri, p. 529; Mga Talahanayan 2 hanggang 4 | Naiulat |
| 7b Mga baryabol na nauugnay sa estratipiko ng populasyon Pagdaragdag ng STREGA | Sinasabi sa artikulo na “Lahat ng kalahok ay may lahing Griyego at Caucasian ayon sa talaan ng pag-aaral.” Hindi inilarawan kung paano naitala ang mga ninuno, at walang naiulat na mga marker o baryabol na may kaugnayan sa mga ninuno. | Populasyon ng pag-aaral, pahina 528 | Bahagyang naiulat |
| 8a Mga Pinagmumulan at Pagsukat ng Bawat Baryabol | Ang klinikal na datos ay nagmula sa regular na pagsusuri sa mga recruitment site. Ang HbA1c ay sinukat sa pamamagitan ng high-performance liquid chromatography sa mga sertipikadong klinikal na laboratoryo na pinili ng mga kalahok, at ang paghahambing sa mga laboratoryong iyon ay hindi inilarawan. Tinatawag ng mga Limitasyon ang inter-laboratory heterogeneity. | Klinikal na pagsusuri, pahina 528 hanggang 529; Mga Limitasyon, pahina 532 | Bahagyang naiulat |
| 8b Mga pamamaraan sa laboratoryo at genotyping Pagdaragdag ng STREGA | Ang DNA ay nagmula sa whole blood, ang genotyping ay gumamit ng real-time PCR sa rhAmp SNP Genotyping System sa isang pinangalanang akreditadong laboratoryo, at nakasaad sa artikulo na “Ang lahat ng tatlong assay ay nakamit ang 100% call rate, at ang duplicate genotyping ay nagpakita ng 100% concordance.” Hindi nakasaad ang imbakan ng DNA, ang software at bersyon ng pagtawag, ang pagtatalaga ng batch, at kung ang mga kaso at kontrol ay na-genotype sa ilalim ng magkaparehong mga kondisyon. | Klinikal na pagsusuri, pahina 529 | Bahagyang naiulat |
| 9a Mga Pagsisikap na Tugunan ang Pagkiling | Inilalarawan ang pagkontrol sa kalidad (call rate, duplicate genotyping, Hardy-Weinberg testing sa mga kontrol) at isang single-ancestry sample. Walang inilalarawang pagsisikap laban sa selection bias o confounding, at ang listahan ng mga Limitasyon ay naglalaman ng selection at survivor bias. | Klinikal na pagsusuri, p. 529; Mga Limitasyon, p. 532 | Bahagyang naiulat |
| 9b at 11 Mga epekto ng paggamot sa mga katangiang kwantitatibo Pagdaragdag ng STREGA | Hindi sinasabi ng artikulo kung ang paggamot na nagpapababa ng glucose ay maaaring nakaapekto sa HbA1c. Ang HbA1c ay sinusuri lamang sa mga kontrol na hindi may diabetes at sa dalawang kategorya lamang, kaya maaaring maliit ang bahagi ng artikulo rito, at maaaring bigyan ito ng marka ng mga mambabasa sa alinmang paraan. | Klinikal na pagsusuri, pahina 529 | Tawag ng paghatol |
| 10 Paano naabot ang laki ng pag-aaral | Walang ibinigay na paliwanag o kalkulasyon ng kapangyarihan para sa 257 kalahok. Tinatawag ng mga Limitasyon ang sample na katamtaman. | Hindi natagpuan; Mga Limitasyon, pahina 532 | hindi iniuulat |
| 11 Paghawak ng mga kwantitatibong baryabol | Ang edad ay ibinibigay bilang mean na may saklaw, ang HbA1c ay pinapangkat sa mga ADA cut-off (normal na glycemia 4.0 hanggang 5.6, prediabetes 5.7 hanggang 6.4), at ang genotype ay additively coded bawat risk allele. | Klinikal na pagsusuri; Pagsusuring istatistikal, p. 529 | Naiulat |
| 12a Mga pamamaraang pang-estadistika at bersyon ng software Pagdaragdag ng STREGA | Ang mga distribusyon ng genotype ay inihambing sa pamamagitan ng chi-square test, at ang unconditional logistic regression ay ginamit gamit ang isang additive primary model at dominant at recessive secondary models, na pawang hindi naayos ayon sa nakasaad na dahilan. Ang artikulo ay nagbibigay ng "IBM SPSS Statistics version 26". Ang tool na ginamit para sa eksaktong Hardy-Weinberg test ay hindi pinangalanan. | Pagsusuring pang-estadistika, pahina 529 | Naiulat |
| 12b Mga subgrupo at interaksyon | Ang tanging pagsusuri ng subgroup ay genotype ayon sa kategoryang HbA1c sa loob ng mga kontrol, at ito ay inilarawan. Walang nakasaad na pagsusuri ng interaksyon. | Pagsusuring pang-estadistika, pahina 529 | Naiulat |
| 12c Nawawalang datos | Nakasaad ang pagkakumpleto ng genotype, at ang kawalan ng edad, kasarian, at BMI sa antas ng kalahok ay ipinaliwanag nang detalyado. Hindi nakasaad kung paano pinangasiwaan ang mga nawawalang halaga ng HbA1c. | Pagsusuring istatistikal; Mga Resulta, p. 529 | Bahagyang naiulat |
| 12d na estratehiya sa pagtutugma o pagkuha ng sample sa pagsusuri | Hindi naaangkop dahil walang inilarawang pagtutugma. | Hindi naaangkop | Hindi naaangkop |
| 12e Mga pagsusuri sa sensitibidad | Ang mga dominant at recessive na modelo ay tumatakbo kasabay ng additive model, ngunit walang pagsusuring sumusubok kung paano nakakaapekto ang mga pag-alis ng Hardy-Weinberg sa mga resulta. Ituturing ng ilang mambabasa ang paghahambing ng genetic-model bilang isang sensitivity analysis. | Pagsusuring istatistikal, pahina 529; Talahanayan 4, pahina 530 | Tawag ng paghatol |
| 12f Hardy-Weinberg ekwilibriyo Pagdaragdag ng STREGA | Sinubukan ang ekwilibriyo sa mga kontrol gamit ang eksaktong pagsusuri at isang sitasyon, at iniulat sa Talahanayan 2 ang mga naobserbahan at inaasahang heterozygotes. Nakasaad sa mga Paraan na "Sinuri ang HWE gamit ang eksaktong pagsusuri", at walang nakasaad na limitasyon sa pagbubukod, dahil pinanatili ang lahat ng tatlong variant. | Klinikal na pagsusuri, pahina 529; Talahanayan 2, pahina 529 | Naiulat |
| 12g Paghinuha ng mga genotype o haplotype Pagdaragdag ng STREGA | Ang mga single variant ay direktang na-type sa pamamagitan ng real-time PCR at walang inilarawang haplotype analysis, kaya hindi naaangkop ang row. | Klinikal na pagsusuri, pahina 529 | Hindi naaangkop |
| 12 oras na Pag-iistratipika ng Populasyon Pagdaragdag ng STREGA | Ang paghihigpit sa mga ninunong Griyego at Caucasian ang tanging sukatang inilarawan. Binanggit sa Talakayan ang mga pangunahing bahagi bilang isang karaniwang pamamaraan at ang pagsusuring nagbibigay-impormasyon sa mga ninuno bilang gawain sa hinaharap, ngunit hindi kailanman sinabi ng artikulo na wala ni isa ang inilapat. | Populasyon ng pag-aaral, pahina 528; Talakayan, pahina 531 | Bahagyang naiulat |
| 12i Maramihang paghahambing at mga maling positibo Pagdaragdag ng STREGA | Tatlong variant at tatlong genetic model ang sinubukan bawat isa sa 0.05, at ang artikulo ay hindi nagbibigay ng anumang pagwawasto o dahilan para sa wala. | Pagsusuring pang-estadistika, pahina 529 | hindi iniuulat |
| 12j Pagkakaugnay sa mga paksa Pagdaragdag ng STREGA | Hindi sinasabi sa artikulo kung ang mga kalahok ay walang kaugnayan sa isa't isa. | Hindi natagpuan | hindi iniuulat |
| 13a Mga numero sa bawat yugto ng pag-aaral | Ang artikulo ay nagbibigay ng 257 kalahok (136 na kontrol, 121 na kaso). Ang mga bilang na nilapitan, tinasa para sa pagiging karapat-dapat o hindi isinama sa ilalim ng nakasaad na pamantayan sa pagbubukod ay hindi ibinigay. | Populasyon ng pag-aaral, pahina 528 | Bahagyang naiulat |
| 13a Sinubukan at matagumpay ang Genotyping Pagdaragdag ng STREGA | Nakasaad sa artikulo na “Lahat ng 257 kalahok ay matagumpay na na-genotype para sa lahat ng tatlong loci.” | Mga Resulta, pahina 529 | Naiulat |
| 13b Mga Dahilan para sa Hindi Pakikilahok | Walang ibinigay na mga dahilan o bilang. | Hindi natagpuan | hindi iniuulat |
| 13c Diagram ng Daloy | Walang flow diagram. Sinasabi sa aytem na isaalang-alang ang isa, at kakailanganin muna ng isang diagram ang mga bilang ng yugto na nawawala mula sa hilera 13a. | Hindi natagpuan | Tawag ng paghatol |
| 14a Mga katangian ng kalahok, kasama ang impormasyon ng genotype Pagdaragdag ng STREGA | Ipinapakita sa Talahanayan 1 ang edad (mean at range), bilang ng kasarian, mean BMI at HbA1c (mean at SD) ayon sa grupo, nang walang spread para sa BMI. Walang ibinigay na talaan ng mga katangian ayon sa genotype. | Talahanayan 1, pahina 529 | Bahagyang naiulat |
| 14b Nawawalang datos para sa bawat baryabol | Sinasabi ng artikulo na hindi magagamit ang edad, kasarian, at BMI sa antas ng kalahok, at wala itong binibilang na nawawalang halaga ng HbA1c. | Klinikal na pagsusuri, pahina 528 hanggang 529 | Bahagyang naiulat |
| 14c Oras ng pagsubaybay | Hindi naaangkop dahil ang pag-aaral ay hindi isang cohort. | Hindi naaangkop | Hindi naaangkop |
| 15 Numero sa bawat kategorya ng genotype (case-control) Pagdaragdag ng STREGA | Ang Talahanayan 3 ay nagbibigay ng mga bilang at porsyento ng bawat genotype sa mga kontrol at kaso. Ang mga kolum ay umaabot sa 136 at 121 sa aming aritmetika, para sa lahat ng tatlong variant. | Talahanayan 3, pahina 530 | Naiulat |
| 16a Mga hindi naayos at naayos na pagtatantya nang may katumpakan | Ang Talahanayan 4 ay nagbibigay ng mga hindi naayos na odds ratio na may 95% CI para sa tatlong modelo sa bawat variant, at walang naayos na mga pagtatantya, na may nakasaad na dahilan. Dahil ang mean age ay nagkakaiba ng apat na taon, gugustuhin ng ilang mambabasa ang mga naayos na pagtatantya at ang iba ay tinatanggap ang paliwanag. | Talahanayan 4, pahina 530; Talakayan, pahina 532 | Tawag ng paghatol |
| 16b Mga hangganan ng kategorya para sa mga tuluy-tuloy na baryabol | Ang mga hangganan ng HbA1c ay ibinigay (mas mababa sa 5.7, at 5.7 hanggang 6.4). | Klinikal na pagsusuri, pahina 529; Talahanayan 5, pahina 531 | Naiulat |
| 16c Ganap na panganib | Hindi naaangkop. Ang isang case-control sample na may mga nakapirming laki ng grupo ay hindi magbubunga ng mga absolutong panganib kung walang outside incidence data. | Hindi naaangkop | Hindi naaangkop |
| 16d Mga Resulta ng mga pagsasaayos para sa maraming paghahambing Pagdaragdag ng STREGA | Wala ni isa ang naiulat, na kasunod ng row 12i. | Hindi natagpuan | hindi iniuulat |
| 17a Iba pang mga pagsusuri | Iniulat ang mga dominant at recessive na modelo (Talahanayan 4) at ang pagsusuri ng HbA1c (Talahanayan 5). | Mga Talahanayan 4 at 5, pahina 530 hanggang 531 | Naiulat |
| 17b Buod ng mga resulta para sa lahat ng mga variant na sinuri Pagdaragdag ng STREGA | Tatlong variant lamang ang sinuri, at lahat ng mga ito ay lumilitaw kasama ng bawat modelo sa Talahanayan 2 hanggang 5. | Mga Talahanayan 2 hanggang 5, pahina 529 hanggang 531 | Naiulat |
| 17c Kung saan maaaring ma-access ang detalyadong mga resulta Pagdaragdag ng STREGA | Hindi naaangkop dahil ang artikulo ay hindi tumutukoy sa mga resultang nasa ibang lugar, at ang mga talahanayan nito ay naglalaman ng bawat resulta. | Hindi naaangkop | Hindi naaangkop |
| 18 Pangunahing resulta laban sa mga layunin | Muling inilalahad ng unang talata ng Talakayan ang mga asosasyon sa lahat ng tatlong loci at niraranggo ang TCF7L2 rs7903146 bilang ang pinakamalakas na senyales. | Talakayan, pahina 530 | Naiulat |
| 19 Mga Limitasyon, kasama ang direksyon at laki ng bias | Limang limitasyon ang nakalista, kabilang ang mga hindi naayos na modelo, isang katamtamang sample at mga pag-alis ng Hardy-Weinberg sa lahat ng tatlong loci. Walang nagsasabi kung saang direksyon o kung gaano maaaring may kinikilingan ang mga pagtatantya. | Mga Limitasyon, pahina 532 | Bahagyang naiulat |
| 20 Maingat na pangkalahatang interpretasyon | Ang mga natuklasan ay tinatawag na "nagbibigay-kaalaman at bumubuo ng hipotesis", ang resulta ng PPARG ay itinatakda laban sa meta-analysis ng HuGE, at ang mga natuklasan ng Hardy-Weinberg ay tinimbang. Hindi tinalakay ang napakaraming pagsusuri. | Talakayan, pahina 530 hanggang 532 | Bahagyang naiulat |
| 21 Paglalahat | Binanggit sa Talakayan ang limitadong ebidensyang Griyego at tinatrato ang homogenous cohort bilang isang kalakasan, ngunit hindi nito sinasabi kung kanino naaangkop ang mga resulta, halimbawa ang mga napakatabang Griyegong nasa hustong gulang na nirekrut sa mga lugar ng pag-aaral. | Talakayan, pahina 532 | Bahagyang naiulat |
| 22 Pagpopondo at papel ng mga tagapondo | Nakasaad sa artikulo na ang open access funding ay nagmula sa HEAL-Link Greece at “Ang pananaliksik na ito ay walang natanggap na panlabas na pondo.” | Pagpopondo, pahina 532 | Naiulat |
Ang Ipinapakita ng Tally at ng mga Numero sa Halimbawa
Sa 49 na hanay, ang bilang ay 17 Naiulat, 15 Bahagyang naiulat, 5 Hindi naiulat, 6 Hindi naaangkop at 6 na Judgement call. Sa 18 hanay na idinagdag ng STREGA, 6 ang Naiulat, 4 Bahagyang naiulat, 3 Hindi naiulat, 2 Hindi naaangkop at 3 Judgement call. Ang mga bilang ay para sa isang papel na ito at hindi isang quality score, at maaaring ililipat ng ibang mambabasa ang ilang hanay ng Judgement call.
Ang mga kalakasan ay nasa laboratoryo at sa buong pag-uulat ng mga resulta. Binanggit ng artikulo ang sistema ng genotyping at laboratoryo, nagbibigay ng 100% na rate ng tawag at 100% na duplicate na concordance, nag-uulat ng eksaktong mga pagsubok sa Hardy-Weinberg para sa bawat variant, at ipinapakita ang bawat variant sa bawat genetic model. Ang mga puwang ay nasa mga lugar kung saan ang STREGA ay pinaka-espesipiko, katulad ng laki ng pag-aaral, maraming paghahambing, pagkakaugnay, stratification ng populasyon, at bilang ng yugto bago ang genotyping.
Sinuri namin ang aritmetika
Muling kinalkula namin ang mga pangunahing numero mula sa mga nakalimbag na talahanayan, gamit ang bilang ng control at case genotype gaya ng nakalimbag. Itinatakda ng Talahanayan 4 sa ibaba ang mga nakalimbag na halaga sa tabi ng aming mga resulta. Magkalapit ang pagkakasundo sa mga pangunahing resulta, at napuputol ito sa isang lugar.
Talahanayan 4. Mga numero sa halimbawa na muling kinalkula mula sa mga nakalimbag na talahanayan. Atin ang aritmetika.
| Tsek | Nakalimbag sa artikulo | Ang aming muling pagkalkula | Resulta |
|---|---|---|---|
| Mga kolum ng genotype ng artikulo Talahanayan 3 | 136 na kontrol at 121 na kaso | 136 at 121 para sa lahat ng tatlong variant | Tumugma |
| Mga halaga ng Chi-square p, artikulo Talahanayan 3 | Mas mababa sa 0.001; 0.006; mas mababa sa 0.001 | Mas mababa sa 0.001 (4.3e-9); 0.0058; mas mababa sa 0.001 (5.9e-5) | Tumugma |
| Eksaktong mga halaga ng Hardy-Weinberg p sa mga kontrol, artikulo Talahanayan 2 | Mas mababa sa 0.001; mas mababa sa 0.001; 0.019 | 4.1e-8; 3.6e-18; 0.019 | Tumugma |
| Inaasahang mga heterozygotes, artikulo sa Talahanayan 2 | 40.2 (29.5%); 49.4 (36.3%); 46.0 (33.8%) | 40.2 (29.5%); 49.5 (36.4%); 45.6 (33.6%) | Maliliit na pagkakaiba para sa FTO at PPARG, hindi mahalaga sa eksaktong mga halagang p |
| Mga additive odds ratio, artikulo Talahanayan 4 | 2.66 (1.92 hanggang 3.68); 1.52 (1.14 hanggang 2.03); 1.98 (1.41 hanggang 2.77) | Ganun din, sa pamamagitan ng logistic regression sa mga bilang ng Table 3 | Tumugma |
| Mga dominanteng at recessive odds ratio, artikulo sa Talahanayan 4 | Anim na pagtatantya, halimbawa 5.88 (3.08 hanggang 11.22) para sa TCF7L2 recessive | Ganun din, sa pamamagitan ng 2 por 2 na mga talahanayan sa Table 3 ay binibilang | Tumugma |
| Mga kabuuan ng grupo sa artikulo Talahanayan 5 (may pamagat na n = 47 at n = 89) | TCF7L2 47 at 89 | TCF7L2 47 at 89; FTO 52 at 84; PPARG 49 at 87 | Hindi tugma para sa FTO at PPARG |
| Mga halaga ng Chi-square p, artikulo Talahanayan 5 | 0.786; 0.978; 0.912 | 0.786; 0.978; 0.912, gamit ang mga nakalimbag na bilang | Itugma, kasama ang mga bilang na nakalimbag |
Ang resulta ng artikulong Talahanayan 5 ay nangangailangan ng pag-iingat. Ang mga nakalimbag na bilang ay nagpaparami ng mga nakalimbag na p value, kaya ang pagkakaiba ay nasa mga heading ng column o sa mga bilang para sa dalawa sa tatlong variant. Kumpleto ang genotyping para sa lahat ng 257 kalahok, kaya dapat punan ng parehong mga tao ang parehong dalawang grupo ng HbA1c para sa bawat variant, at ang artikulo lamang ay hindi nagpapahintulot sa amin na sabihin kung aling pigura ang nilalayon. Itinuturing namin ito bilang isang puntong dapat pagtuunan ng pansin at hindi bilang isang pagkakamali sa pamamaraan.
Mga hindi pagkakapare-pareho na mapapansin ng mambabasa
- Tinatawag ng Artikulo Talahanayan 4 ang tatlong hanay sa hanay ng mga Tala nito bilang "Pangunahing modelo; hindi naayos", katulad ng mga hanay ng TCF7L2 recessive, FTO dominant at PPARG recessive, habang ang talababa nito ay nagsasabing "Ang additive (per-allele) model ay ang paunang tinukoy na pangunahing pagsusuri; ang mga dominant at recessive na modelo ay pangalawa". Gaya ng nakalimbag, ang mga etiketa ay sumasalungat sa talababa at sa mga Paraan.
- Ang mga kabuuan ng grupo sa Artikulo Talahanayan 5 ay hindi magkakatugma sa tatlong variant, gaya ng nakasaad sa itaas.
- Ang pangungusap na Methods na “The revised report was prepared in accordance with STREGA guidance” ay may reference number 19, na nasa listahan ng mga sanggunian ay ang American Diabetes Association Standards of Care, habang ang papel ng STREGA ay reference 15.
- Sinasabi ng Discussion na ang datos ng quality control ay "sumusuporta sa pagpapanatili ng mga loci na ito sa isang eksploratory analysis", at sinasabi naman ng Limitations na ang mga paglihis nina Hardy-Weinberg sa lahat ng tatlong variant ay nagdudulot ng "mga alalahanin tungkol sa genotyping validity, mga epekto ng sampling, o istruktura ng populasyon". Ang parehong pahayag ay bukas at tapat, at kailangang timbangin ng mambabasa ang mga ito kapag binabasa ang mga odds ratio.
Limang Aral sa Pag-uulat Mula sa Halimbawa
Ilarawan ang laboratoryo sa paraang itinatanong ng aytem 8b
Malakas ang halimbawa sa pagkontrol ng kalidad, na may pinangalanang plataporma, pinangalanang laboratoryo, 100% na rate ng tawag, at dobleng genotyping ng humigit-kumulang 10% ng mga sample. Hindi pa rin kasama rito ang software at bersyon ng pagtawag, ang pag-iimbak ng DNA, at anumang pahayag sa mga batch o kung ang mga kaso at kontrol ay pinagsama-samang na-genotype. Ito ay maiikling pangungusap na hinihingi ng STREGA dahil ang pagkakaiba-iba ng maling pag-uuri sa pagitan ng mga kaso at kontrol ay maaaring lumitaw mula sa mga pagkakaiba sa pag-iimbak, pagkolekta, o pagproseso ng DNA kahit na ang mismong genotyping ay mahusay [1].
Magpasya kung ano ang ibig sabihin ng mga pag-alis nina Hardy-Weinberg bago ang Talakayan
Itinatanong ng Aytem 12f kung isinaalang-alang ang ekwilibriyo at paano, at malinaw na sinasagot ito ng halimbawa gamit ang isang eksaktong pagsubok [4] . Idinagdag ng mga may-akda ng STREGA na dapat ding ilarawan ang anumang pamamaraan upang payagan ang mga paglihis, at para sa malalaking plataporma, dapat isaad ang threshold na ginamit upang ibukod ang mga variant [1] . Sa halimbawa, ang lahat ng tatlong variant ay humihiwalay sa ekwilibriyo sa mga kontrol, at ang mga kakulangan sa heterozygote ay minarkahan para sa dalawa sa mga ito. Kailangang makita ng isang mambabasa sa Mga Paraan kung ano ang gagawin sa pangyayaring iyon, halimbawa, muling pagsuri sa assay o pagpapatakbo ng pagsusuri nang mayroon at walang variant, dahil ang Talakayan ay kailangang magdala ng buong interpretasyon.
Magsabi ng kahit ano tungkol sa multiplicity at stratification, kahit na ang sagot ay wala
Ang mga hilera 12h, 12i at 16d ay ang mga lugar kung saan halos walang ginagastos ang mga may-akda sa isang pahayag na may isang linya. Tatlong variant at tatlong genetic model ang nagbibigay ng siyam na pagtatantya ng asosasyon, at ang artikulo ay hindi nagsasaad ng anumang pagwawasto o dahilan para sa wala. Ang stratification ay pinangangasiwaan sa pamamagitan ng paghihigpit sa isang ninuno ayon sa talaan ng pag-aaral, na isang lehitimong pagpipilian na gugustuhin ng mga may-akda ng STREGA na ipahayag kasama ng kung paano natukoy ang ninuno. Ang isang pangungusap na nagsasabing walang pagwawasto at walang paraan ng stratification na inilapat, at bakit, ay nakakatugon sa aytem.
Ibigay ang bilang ng mga yugto at ang batayan para sa laki ng pag-aaral
Ang artikulo ay nagbibigay ng mga pangwakas na laki ng grupo at ang rate ng tagumpay sa genotyping, at hindi ang mga bilang na nilapitan, karapat-dapat o hindi kasama, o kung paano napili ang 257. Ang tatlong katotohanang iyon ay nagbibigay-daan sa isang mambabasa na husgahan ang pagpili at kapangyarihan, at ang mga ito ang karaniwang nilalaman ng isang flow diagram. Ang aming free flow diagram generator, na nakalista sa ibaba, ay kumukuha ng isang STROBE diagram mula sa mga bilang.
Tiyaking magkatugma ang bawat etiketa, kabuuan, at bilang ng sitasyon
Maliliit lang ang ilang tunay na hindi pagkakapare-pareho sa halimbawa, katulad ng mga label ng Tala sa isang talahanayan, mga kabuuan ng grupo sa isa pa, at isang numero ng sitasyon na tumuturo sa maling sanggunian. Walang nagbabago sa mga odds ratio, at ang bawat isa ay ang uri ng detalyeng sinusuri muna ng mga editor at tagasuri. Ang isang pagkakapare-pareho ay pumasa, kung saan ang bawat bilang, label, at numero ng sanggunian na inihambing sa pagitan ng abstrak, mga talahanayan, teksto, at listahan ng sanggunian, ay tumatagal ng wala pang isang oras.
Paano Kumpletuhin ang Iyong Sariling Checklist ng STREGA
Magsimula sa talahanayan ng STREGA sa open-access na papel, na ibinibigay din ng mga may-akda bilang isang editable file, ang Table S1 sa sumusuportang impormasyon [1] . Magdagdag ng isang hilera para sa bawat aytem, isulat ang seksyon o pahina ng manuskrito sa tabi nito, at magsulat ng dahilan sa bawat hilera na hindi naaangkop. Pagkatapos ay isulat ang mga talata ng genetics sa ibaba, bawat isa ay sapat na maikli upang mailagay sa Mga Paraan o Mga Resulta.
- Talata sa laboratoryo. Pinagmulan at imbakan ng DNA, paraan at plataporma ng genotyping, algorithm at bersyon ng pagtawag, laboratoryo, mga rate ng pagtawag at error, paghahambing sa iba't ibang grupo, at kung ang mga genotype ay itinalaga nang magkakasama o sa mga batch.
- Pangungusap na Hardy-Weinberg. Ang pagsubok na ginamit, ang grupong pinaglapatan nito, anumang limitasyon para sa pagbubukod ng mga variant, ang resulta para sa bawat variant, at kung ano ang ginawa mo noong umalis ang isang variant.
- Pangungusap na may sapin-sapin. Ang impormasyon tungkol sa mga ninuno na makukuha, kung paano ito natukoy, at ang pamamaraang ginamit upang masuri o matugunan ang stratipikasyon, o isang pahayag na walang ginamit.
- Pangungusap na may maraming salita. Ilang variant at modelo ang sinubukan, at kung at paano inayos ang threshold.
- Nagbibilang. Sinubukan at nagtagumpay ang numbers genotyping, ang mga numero bawat kategorya ng genotype para sa mga kaso at kontrol, at ang mga yugto bago ang mga ito.
- Pahayag ng replikasyon. Kung ang pag-aaral ay isang unang ulat, isang replikasyon o pareho, kasama ang pamantayan para sa replikasyon kung kinakailangan.
Maaaring gamitin ng mga awtor na unang nangangailangan ng gabay sa disenyo ang aming gabay sa STROBE , at ang opisyal na pahina ng STREGA ay nakalista sa site ng EQUATOR Network . Ang orihinal na pahayag ng STROBE ay bukas din sa pag-access [6] , at ang website ng STROBE ay naglalaman ng mga checklist para sa bawat disenyo (site ng pahayag ng STROBE).
Mga karaniwang pagkakamali sa checklist ng STREGA
- Nagsusulat na ang pag-aaral ay “sinunod ang STREGA” nang hindi ibinibigay ang checklist o ang mga lokasyon ng aytem.
- Pag-uulat ng rate ng tawag nang walang pamamaraan, plataporma o laboratoryo.
- Sinusubukan ang Hardy-Weinberg equilibrium at pagkatapos ay walang sinasabi tungkol sa resulta o kung ano ang kahulugan nito para sa pagsusuri.
- Pagsubok sa maraming baryante o modelo nang walang pahayag sa pagiging marami.
- Ibinibigay lamang ang mga pinal na laki ng grupo at hindi isinama ang mga bilang na nilapitan, ibinukod, at sinuri ang genotype.
- Hindi naaayon sa teksto ang mga label ng talahanayan, kabuuan ng grupo, at bilang ng sitasyon.
Mga Libreng Kagamitan sa Pananaliksik mula sa Editverse
- GraphProGumawa ng mga tsart na handa nang ilathala, 25 uri, na may built-in na t-test, ANOVA, correlation, at chi-square p-values. Libre, walang pag-signup.
- StatProMga libreng statistical calculator at isang test-selector tool na sumasaklaw sa mga paghahambing ng grupo, mga resultang pang-kategoriya, pagsusuri batay sa oras ng pangyayari, at katumpakan ng pagsusuri.
- Flowchart ProBumuo ng mga flow diagram ng PRISMA 2020, PRISMA-ScR, CONSORT, STROBE, STARD, MOOSE, at ARRIVE nang direkta sa iyong browser.
Propesyonal na Suporta para sa isang Manuskrito ng Genetic Association
Itinatala ng isang checklist kung ano na ang nilalaman ng pag-aaral, kaya ang yugto ng pagpaplano ay kasinghalaga ng yugto ng pagsulat. Ang mga tanong tulad ng kung paano pinipili ang mga kaso at kontrol, kung paano kinukuha ang sample at kung paano iuulat ang gawain sa laboratoryo ay mas madaling malutas bago ang pagkolekta ng datos. Dalawang serbisyo ng Editverse ang magkakaugnay sa dalawang yugto. Ang isa ay isang konsultasyon sa metodolohiya para sa disenyo. Ang isa pa ay ang substantibong pag-edit ng natapos na manuskrito na may beripikasyon ng listahan ng sanggunian. Ang suporta sa pag-edit at pagsulat ng Editverse ay naaayon sa ICMJE , COPE at GPP 2022 , at sa mga kinakailangan sa etika ng iyong institusyon at bansa [7] [8].
Konsultasyon sa metodolohiya
$400
Tatlong 45-minutong sesyon kasama ang mga PhD methodologist na sumasaklaw sa pagsusuri ng disenyo ng pananaliksik, sampling, pangongolekta ng datos at validity, na may nakasulat na balangkas ng metodolohiya. Naka-iskedyul sa loob ng 4 hanggang 6 na linggo.
Advanced na pag-edit
$550
Masusing pag-eedit, pagpapakinis ng siyentipikong wika, pag-eedit ayon sa istilo ng APA, AMA o Vancouver at beripikasyon ng listahan ng sanggunian. May bayad, 7 hanggang 10 araw ng negosyo, isang libreng yugto ng rebisyon.
Kung ang iyong tanong ay isang tanong na sanhi at maaaring masagot ng mga pampublikong estadistika ng buod ng GWAS, ang pakete ng pag-aaral ng Mendelian randomization ay may kasamang checklist ng STROBE-MR.
Konklusyon
Iniingatan ng checklist ng STREGA ang lahat ng 22 aytem ng STROBE at nagdaragdag ng teksto ng genetics sa 12 sa mga ito, upang mahusgahan ng mambabasa kung paano pinangasiwaan ang DNA, ilang sample ang na-genotype, kung ang mga bilang ng genotype ay akma sa equilibrium, paano ginamot ang mga ninuno at ilang variant ang sinubukan. Kung ilalapat sa isang tunay na open-access case-control study, ipinapakita nito kung ano ang hitsura ng mahusay na pag-uulat, na may pinangalanang platform at laboratoryo, isang buong call rate, duplicate genotyping at bawat variant na ipinapakita sa ilalim ng bawat modelo. Ipinapakita rin nito kung saan kahit ang isang maingat na papel ay nag-iiwan ng mga puwang, katulad ng laki ng pag-aaral, multiplicity, relatedness, stratification at stage counts, at kung saan may maliliit na hindi pagkakapare-pareho na pumapasok. Kumpletuhin ang talahanayan bago isumite, magsulat ng dahilan sa bawat hilera na hindi naaangkop, at suriin ang bawat bilang, label at numero ng citation sa mga huling patunay.
Mga Madalas Itanong Tungkol sa Checklist ng STREGA
Ilang aytem ang mayroon sa checklist ng STREGA?
Pinapanatili nito ang 22 aytem ng STROBE checklist at nagdaragdag ng tekstong partikular sa henetika sa 12 sa mga ito, ayon sa pahayag noong 2009. Sa aming bilang, ang mga karagdagan ay umaabot sa 18 linya, kabilang ang mga bagong sub-aytem 12f hanggang 12j, 16d, 17b at 17c.
Papalitan ba ng STREGA checklist ang STROBE?
Hindi. Ito ay isang ekstensyon, at ang talahanayan ng STREGA ay naglalaman ng mga salitang STROBE kasama ng mga karagdagan sa henetika, kaya ang isang kumpletong talahanayan ay sumasaklaw sa pareho.
Nalalapat ba ang checklist ng STREGA sa mga pag-aaral ng kaugnayan sa buong genome?
Oo. Direktang tinutugunan ng mga may-akda ang mga pag-aaral sa buong genome, halimbawa sa pamamagitan ng pagtatanong ng mga limitasyon na ginagamit upang ibukod ang mga variant at para sa isang buod ng lahat ng mga variant na sinuri nang marami ang sinubukan.
Ginagamit ba ang STREGA checklist para sa Mendelian randomization?
Hindi. Ang mga pag-aaral sa Mendelian randomization ay may sariling gabay, ang STROBE-MR, na may 20 aytem.
Isa bang marka ng kalidad ang checklist ng STREGA?
Hindi. Itinatala nito kung kumpleto ang pag-uulat, at hindi nito binibigyang-halaga ang kalidad ng pag-aaral. Ang bilang ng mga naiulat at hindi naiulat na hilera ay naglalarawan ng isang papel at hindi dapat gawing iskala.
Saan matatagpuan ang opisyal na checklist ng STREGA?
Ang pahayag ay bukas sa pag-access sa PLoS Medicine sa ilalim ng dedikasyon ng CC0, na may editing na bersyon ng talahanayan sa sumusuportang impormasyon, at nakalista ito sa site ng EQUATOR Network.
Ano ang pinakamadalas na hindi nakasaad sa halimbawang papel?
Sa aming ginawang halimbawa, ang pinakamalinaw na mga puwang ay ang batayan para sa laki ng pag-aaral, maraming paghahambing, pagkakaugnay, bilang ng yugto bago ang genotyping at ang paghawak ng stratification ng populasyon.
Mga sanggunian
- Little J, Higgins JPT, Ioannidis JPA, Moher D, Gagnon F, von Elm E, et al. Pagpapalakas ng Pag-uulat ng mga Pag-aaral ng Genetic Association (STREGA): isang pagpapalawig ng pahayag ng STROBE. PLoS Med. 2009;6(2):e1000022. doi:10.1371/journal.pmed.1000022. PMID: 19192942. PMCID: PMC2634792. CC0. Pahina ng tagapaglathala.
- Kalesis K, Roidos P, Nikolopoulos V, Katsiki N, Kotsa K, Koufakis T. Henetikong pinagmulan ng labis na katabaan: isang pag-aaral na may kontrol sa kaso. Hormones (Athens). 2026;25(2):527-33. doi:10.1007/s42000-026-00790-3. PMID: 42230483. PMCID: PMC13582106. CC BY 4.0. Pahina ng tagapaglathala.
- Nedovic D, Panic N, Pastorino R, Ricciardi W, Boccia S. Pagsusuri sa pag-endorso ng pahayag na Strengthening the REporting of Genetic Association Studies (STREGA) sa kalidad ng pag-uulat ng mga nailathalang pag-aaral ng genetic association. J Epidemiol. 2016;26(8):399-404. doi:10.2188/jea.JE20150173. PMID: 27349199. PMCID: PMC4967660. Mga katotohanan lamang ang binabanggit. Pahina ng tagapaglathala.
- Wigginton JE, Cutler DJ, Abecasis GR. Isang tala sa eksaktong mga pagsubok ng Hardy-Weinberg equilibrium. Am J Hum Genet. 2005;76(5):887-93. doi:10.1086/429864. Pahina ng tagapaglathala.
- Skrivankova VW, Richmond RC, Woolf BAR, Yarmolinsky J, Davies NM, Swanson SA, et al. Pagpapalakas ng pag-uulat ng mga obserbasyonal na pag-aaral sa epidemiology gamit ang Mendelian randomization (STROBE-MR). JAMA. 2021;326(16):1614-21. doi:10.1001/jama.2021.18236.
- von Elm E, Altman DG, Egger M, Pocock SJ, Gotzsche PC, Vandenbroucke JP. Ang pahayag na Pagpapalakas ng Pag-uulat ng mga Pag-aaral sa Obserbasyon sa Epidemiolohiya (STROBE): mga alituntunin para sa pag-uulat ng mga pag-aaral sa obserbasyon. PLoS Med. 2007;4(10):e296. doi:10.1371/journal.pmed.0040296.
- Pandaigdigang Komite ng mga Patnugot ng Medical Journal. Mga Rekomendasyon para sa Pagsasagawa, Pag-uulat, Pag-eedit, at Paglalathala ng mga Iskolar na Gawain sa mga Medical Journal. Makukuha sa icmje.org/recommendations.
- DeTora LM, Toroser D, Sykes A, Vanderlinden C, Plunkett FJ, Lane T, et al. Mga alituntunin ng Good Publication Practice (GPP) para sa pananaliksik sa biomedikal na inisponsor ng kumpanya, update sa 2022. Ann Intern Med. 2022;175(9):1298-1304. doi:10.7326/M22-1460. PMID: 36037471.