Mendel Rastgeleleştirme Çalışması

Açıklama

Mendel Rastgeleleştirme Çalışması

Herkese açık genom çapında ilişki özet istatistiklerinden oluşturulmuş, iki örneklemli bir Mendel rastgeleleştirme çalışması, MR'nin herkes tarafından kolayca çalıştırılabilir hale gelmesinden sonra dergilerin uygulamaya koymaya başladığı standartlara göre yürütülmüştür. Bu değişim, bu hizmetin temel amacıdır. Yazılım ücretsiz ve veriler herkese açık olduğundan, duyarlılık analizi yapılmamış, tek maruz kalma ve tek sonuç içeren makalelerin bir seline yol açmış ve editörler artık bunları anında reddetmektedir. İncelemeden geçen versiyon, her varsayımın test edildiği ve raporlandığı versiyondur.

Bu yönteme yeni mi başlıyorsunuz? Mendel rastgeleleştirmenin ne olduğunu, ne zaman kullanılacağını ve nasıl uygulanacağını açıklayan yazımızla ve nedensel çıkarım için araçsal değişken yaklaşımlarının arka planıyla başlayın.

Bu, Doğru Çalışma Olduğu Zamanlar

MR, güçlü bir GWAS çalışmasıyla değiştirilebilir bir maruziyete, bağımsız ve güçlü bir GWAS çalışmasıyla elde edilen bir sonuca ve maruziyetin sonucu tetikleyebileceğine dair makul bir biyolojik nedene sahip olduğunuzda doğru araçtır. Etik veya pratik olarak randomize bir çalışmanın cevaplayamayacağı sorular, bir biyobelirtece, bir besine, bir vücut kompozisyonu ölçümüne ömür boyu maruz kalma ve pahalı geliştirmelerden önce ilaç hedeflerinin önceliklendirilmesi için en güçlü yönüdür.

Maruz kalmanın güçlü genetik araçları olmadığında, maruz kalma ve sonuç GWAS'ları örtüşen örneklerden geldiğinde, maruz kalma yüksek oranda poligenik ve biyolojik olarak spesifik olmadığında veya cevap zaten belirlenmiş olduğunda, bu yanlış bir araçtır. MR, yaşam boyu ortalama bir etkiyi tahmin eder, yaşamın tek bir noktasındaki bir müdahalenin etkisini değil ve hakemler giderek makalelerin bunu belirtmesi konusunda ısrar ediyorlar.

Analiz Gerçekte Nasıl Yapılıyor?

Enstrümantal değişkenin üç temel varsayımı olan alaka düzeyi, bağımsızlık ve dışlama kısıtlamasının tamamı kanıtlanamaz. Güvenilir bir MR makalesi, verilerin izin verdiği ölçüde her birini test eder ve test edilemediği durumlarda dürüstçe rapor eder.

• Enstrüman seçimi belirtilmiş ve savunulabilir niteliktedir. – Belirtilen bağlantı dengesizliği eşiği ve penceresinde bağımsız olarak kümelenmiş, genom çapında anlamlı varyantlar ve referans paneli adlandırılmıştır. Geleneksel eşiklerde enstrüman sayısı yetersiz olduğunda, yalnızca ortaya çıkan zayıf enstrüman yanlılığı nicel olarak belirlenerek daha gevşek bir eşik kullanılır.
• Enstrüman gücünün niceliksel olarak belirlenmesi – Her bir araç için ve genel olarak F-istatistikleri, ayrıca açıklanan maruziyet varyansının oranı. İki örneklemli MR'da zayıf araçlar sıfır hipotezine doğru eğilim gösterir; örneklem örtüşmesi durumunda ise karışıklık içeren gözlemsel tahmine doğru eğilim gösterirler. Her ikisi de raporlanmıştır, açıklanmamıştır. Bu soru üzerine 18,000 simüle edilmiş çalışma yürüttük: bkz. F-istatistiğinin size aslında ne anlattığı.
• Uyumlaştırma özenle yapıldı. – Çalışmalar genelinde hizalanmış etki alelleri, ara alel frekansına sahip palindromik varyantlar çözümlendi veya elendi ve her adımda elenen varyant sayısı rapor edildi. Sessiz zincir hataları, tekrarlanamayan MR sonuçlarının önde gelen nedenlerinden biridir.
• Bir değil, dört tahminci. – Birincil yöntem olarak ters varyans ağırlıklı yöntem, duyarlılık analizleri olarak ise MR-Egger, ağırlıklı medyan ve ağırlıklı mod yöntemleri kullanılmıştır. Bu yöntemler pleiotropi hakkında farklı varsayımlarda bulunur; aralarındaki uyum kanıt niteliğindedir ve uyumsuzluk gizlenmek yerine rapor edilir. Simülasyon çalışmamız şunu ortaya koymaktadır: Dört tahmincinin her birinin sizi aslında neyden koruduğuve her birinin nerede kırıldığı.
• Yönlü pleiotropi test edildi – MR-Egger kesişim noktası ve yorumu, ayrıca NOME varsayımı için I-kare-GX istatistiği; çünkü düşük bir değer Egger tahmininin kendisini güvenilmez hale getirir.
• Aykırı değerler resmi olarak tespit edildi – MR-PRESSO global testi, aykırı değer testi ve bozulma testi; aykırı değerlerin giderilmesinden önce ve sonra bildirilen sonuçlar.
• Heterojenlik nicel olarak belirlendi. – Tek bir varyantın bulguyu yönlendirmediği, tek varyantı dışarıda bırakma analiziyle yapılan Cochran'ın Q testi.
• Ters nedensellik dışlandı. – Her bir cihazın maruz kalmadaki varyansı sonuçtaki varyanstan daha fazla açıkladığını doğrulamak için Steiger filtrelemesi, ayrıca yönün gerçekten sorgulandığı durumlarda çift yönlü MR.
• PheWAS Enstrümanı – Her bir araç, sonuca giden alternatif yollar için fenom çapındaki ilişkilendirme kaynaklarına karşı kontrol edildi. Dışlama-kısıtlama ihlallerinin aslında yakalandığı yer burasıdır ve çoğu MR makalesinin atladığı adım da budur.
• Bağımsız çoğaltma – Bu analiz, mevcut olduğu durumlarda farklı bir kohorttan elde edilen ikinci bir GWAS sonucu üzerinde tekrarlandı.
• Soy ağacı eşleşti. – Maruziyet ve sonuç GWAS çalışmaları, aynı atadan gelen popülasyondan alınmış olup, popülasyon tabakalaşması açıkça ele alınmıştır.

Ne Alırsınız

• Tam metin – Hedef derginiz için STROBE-MR raporlama standartlarına uygun olarak yazılmıştır.
• Tam figür seti – Yayın kalitesinde vektör çıktısı olarak tüm tahminci eğimlerinin saçılım grafiği, enstrüman başına etkilerin orman grafiği, huni grafiği ve tek tek dışlama grafiği.
• Alet masası – Etki büyüklüğü, standart hata, etki aleli frekansı, F-istatistiği ve PheWAS açıklaması içeren her varyant.
• Tam analiz kodu – TwoSampleMR ve MRPRESSO kullanan R, yorumlanmış ve kamuya açık özet istatistiklerden uçtan uca çalıştırılabilir.
• Tamamlanmış STROBE-MR kontrol listesi
• Yazarın isteği üzerine bir tur revizyon

Neler Dahil Değildir?

Biz, başkası adına yazarlık yapmıyoruz. Hipotezi siz belirliyorsunuz, biyolojik yorumu siz gözden geçiriyorsunuz ve iddiaların sahibi sizsiniz. Bireysel düzeyde genetik analiz, kendi kohortunuzun GWAS'ı veya yetkilerinizle kısıtlı bir biyobankaya erişim gerektiren herhangi bir işlem yapmıyoruz. Sizin adınıza başvuru yapmıyoruz ve kabul garantisi vermiyoruz. Nedensel tahmin sıfır ise, makale sıfır sonucunu bildirir; iyi yürütülmüş bir sıfır MR yayınlanabilir ve biz de bu şekilde yazacağız.

Size bunu satın almamanızı ne zaman söyleyeceğiz?

Eğer maruz kalma durumunuzda yaklaşık ondan az bağımsız genom çapında anlamlı ölçüm aracı varsa, analiz yetersiz güçte olacak ve duyarlılık tahmincileri bilgilendirici olmayacaktır. Eğer mevcut tek maruz kalma ve sonuç GWAS'ı önemli bir örneklem paylaşıyorsa, sonuç yanlı olacaktır ve hiçbir yöntem bunu düzeltemez. Aynı maruz kalma-sonuç çifti aynı özet istatistiklerden zaten yayınlanmışsa, bir kopya hiçbir şey katmaz. Başlamadan önce ölçüm aracı sayısını, F-istatistiklerini, örneklem örtüşmesini ve mevcut literatürü kontrol ediyoruz; bu kontrol, Uygulanabilirlik ve Protokol Değerlendirmesi içindir.

Veri erişimi

Herkese açık GWAS özet istatistikleri. Bunları standart veri tabanlarından kendimiz temin ediyoruz, herhangi bir başvuru yapmanıza veya bir şey ayarlamanıza gerek yok. Bir konsorsiyum kısa bir veri talebi gerektiriyorsa, imzanızın gerekip gerekmediğini size baştan bildireceğiz.

Tarihçesi

Standart teslimat süresi, üzerinde anlaşılan analiz planından itibaren 15 iş günüdür . Çok değişkenli, çift yönlü ve eş konumlandırma uzantıları daha uzun sürer; eğer sizinki daha uzun sürecekse, ödeme yapmadan önce bunu size bildiririz.

Sık Sorulan Sorular

Peki ya tahminciler arasında görüş ayrılığı olursa? Bu bir başarısızlık değil, bir bulgudur. IVW ile pleiotropiye dayanıklı yöntemler arasındaki görüş ayrılığı, kullanılan araçlar hakkında size bir şeyler söyler ve makale bunu rapor eder ve yorumlar.

İlaç hedefli MR yapabilir misiniz? Evet. Hedefi kodlayan gen bölgesine sınırlı cihazlar kullanılır ve ortak nedensel varyantı doğrulamak için kolokalizasyon yapılır. Bu ayrı olarak fiyatlandırılır.

MR güçlü bir kanıt mıdır? Geleneksel gözlemsel epidemiyolojinin üzerinde, randomize kontrollü çalışmanın ise altında yer alır. Klinik araştırmalarda kanıt düzeylerine ilişkin kılavuzumuza bakın.

MR makalem reddedildi. Onu kurtarabilir misiniz? Çoğu zaman. Bu alandaki reddedilme nedenlerinin çoğu, yanlış bir temel sonuçtan ziyade eksik duyarlılık analizlerinden kaynaklanmaktadır. Makaleyi gönderin.

Genişletilmiş Kapsam

İlişkili maruziyetler için çok değişkenli MR, aracı MR, birlikte lokalizasyon, ilaç-hedef MR ve doğrusal olmayan MR için fiyatlar genellikle 3,500 dolardan başlayarak ayrı ayrı verilmektedir. Genişletilmiş ve Çoklu Veritabanı Kayıt Çalışmasına bakınız.

Önce bir sorunuz mu var?

Bu ürünün araştırma sorunuz için doğru seçim olup olmadığından emin değilseniz, satın almadan önce sorunuzu iletin. Sorunuzu aşağıya gönderin, kıdemli bir analist bir iş günü içinde size cevap verecektir. Herhangi bir yükümlülüğünüz yoktur ve eğer farklı bir ürün size daha uygunsa veya dürüstçe yardımcı olamayacağımızı söylersek, bunu da belirteceğiz.