รายละเอียด
การศึกษาแบบสุ่มเมนเดล
การศึกษาแบบสุ่มทางพันธุกรรมแบบเมนเดลสองกลุ่มตัวอย่าง สร้างขึ้นจากสถิติสรุปความสัมพันธ์ทั่วทั้งจีโนมที่เป็นสาธารณะ ดำเนินการตามมาตรฐานที่วารสารต่างๆ เริ่มบังคับใช้เมื่อการศึกษาแบบสุ่มทางพันธุกรรมแบบเมนเดล (MR) กลายเป็นเรื่องง่ายพอที่ทุกคนจะดำเนินการได้ การเปลี่ยนแปลงนี้คือจุดประสงค์หลักของบริการนี้ ซอฟต์แวร์นั้นฟรีและข้อมูลเป็นสาธารณะ ซึ่งทำให้เกิดบทความวิจัยแบบตัวแปรเดียว ผลลัพธ์เดียว จำนวนมาก โดยไม่มีการวิเคราะห์ความไว และการตอบสนองจากกองบรรณาธิการที่ปฏิเสธบทความเหล่านั้นทันที สิ่งที่ผ่านการตรวจสอบคือเวอร์ชันที่ทุกสมมติฐานได้รับการทดสอบและรายงาน
หากคุณยังไม่คุ้นเคยกับวิธีการนี้ โปรดเริ่มต้นด้วยคำอธิบายของเราเกี่ยวกับว่าการสุ่มแบบเมนเดลคืออะไร ควรใช้เมื่อใด และวิธีการดำเนินการ รวมถึงข้อมูลเบื้องต้นเกี่ยวกับแนวทางตัวแปรเครื่องมือในการอนุมานเชิงสาเหตุ
เมื่อใดที่นี่คือการศึกษาที่เหมาะสม
MR เป็นเครื่องมือที่เหมาะสมเมื่อคุณมีตัวแปรที่สามารถปรับเปลี่ยนได้ซึ่งได้จากการศึกษา GWAS ที่มีกำลังการวิเคราะห์สูง มีผลลัพธ์ที่ได้จากการศึกษา GWAS อิสระที่มีกำลังการวิเคราะห์สูง และมีเหตุผลทางชีววิทยาที่น่าเชื่อถือว่าตัวแปรนั้นอาจก่อให้เกิดผลลัพธ์ดังกล่าว MR มีประสิทธิภาพสูงสุดสำหรับคำถามที่การทดลองแบบสุ่มไม่สามารถตอบได้ทั้งในเชิงจริยธรรมและในทางปฏิบัติ การสัมผัสกับไบโอมาร์กเกอร์ สารอาหาร การวัดองค์ประกอบของร่างกายตลอดชีวิต และสำหรับการจัดลำดับความสำคัญของเป้าหมายยา ก่อนการพัฒนาที่มีค่าใช้จ่ายสูง
การวิเคราะห์แบบ Mendelian randomization (MR) ไม่เหมาะสมในกรณีที่ตัวแปรต้นไม่มีเครื่องมือทางพันธุกรรมที่แข็งแกร่ง ในกรณีที่การศึกษา GWAS เกี่ยวกับตัวแปรต้นและผลลัพธ์มาจากกลุ่มตัวอย่างที่ซ้ำซ้อนกัน ในกรณีที่ตัวแปรต้นมีหลายยีนและไม่จำเพาะเจาะจงทางชีววิทยา หรือในกรณีที่คำตอบนั้นได้รับการพิสูจน์แล้ว MR ประมาณค่าผลกระทบเฉลี่ยตลอดชีวิต ไม่ใช่ผลกระทบของการแทรกแซง ณ จุดใดจุดหนึ่งในชีวิต และผู้ตรวจสอบบทความก็ยืนยันมากขึ้นเรื่อยๆ ว่าบทความต้องระบุเช่นนั้น
ขั้นตอนการวิเคราะห์ข้อมูลนั้นดำเนินการอย่างไรกันแน่
ข้อสมมติฐานสามประการของตัวแปรเครื่องมือ ได้แก่ ความเกี่ยวข้อง ความเป็นอิสระ และข้อจำกัดการยกเว้น ไม่สามารถพิสูจน์ได้ทั้งหมด สิ่งที่งานวิจัยเชิงวิจัยแบบ MR ที่น่าเชื่อถือทำคือ การทดสอบแต่ละข้อสมมติฐานเท่าที่ข้อมูลจะเอื้ออำนวย และรายงานอย่างตรงไปตรงมาในกรณีที่ไม่สามารถพิสูจน์ได้
- การเลือกเครื่องมือที่ระบุไว้และสามารถอธิบายได้ – ตัวแปรที่มีนัยสำคัญทั่วทั้งจีโนม ซึ่งจัดกลุ่มให้เป็นอิสระที่ระดับความไม่สมดุลของการเชื่อมโยงที่ระบุไว้และช่วงเวลาที่กำหนด โดยมีการระบุชื่อแผงอ้างอิง ในกรณีที่จำนวนเครื่องมือมีน้อยเกินไปที่ระดับเกณฑ์ปกติ จะใช้เกณฑ์ที่ผ่อนปรนลงเท่านั้น โดยจะมีการวัดปริมาณความลำเอียงที่เกิดจากเครื่องมือที่อ่อนแอด้วย
- ความแข็งแรงของเครื่องมือที่วัดได้ – ค่าสถิติ F ต่อเครื่องมือแต่ละตัวและโดยรวม รวมถึงสัดส่วนของความแปรปรวนของการสัมผัสที่อธิบายได้ เครื่องมือที่อ่อนแอใน MR สองกลุ่มตัวอย่างจะเอนเอียงไปทางค่าว่าง ในกรณีที่มีการทับซ้อนกันของกลุ่มตัวอย่าง จะเอนเอียงไปทางค่าประมาณจากการสังเกตที่มีตัวแปรแทรกซ้อน ทั้งสองค่าถูกรายงาน ไม่มีการอธิบายเพิ่มเติม เราได้ทำการศึกษาจำลอง 18,000 ครั้งในคำถามนี้: ดูที่นี่ ค่าสถิติ F บอกอะไรคุณได้บ้าง.
- การประสานงานดำเนินการอย่างระมัดระวัง – จัดเรียงอัลลีลที่มีผลให้ตรงกันในทุกการศึกษา แก้ไขหรือตัดตัวแปรพาลินโดรมที่มีความถี่อัลลีลระดับกลาง และรายงานจำนวนที่ถูกตัดในแต่ละขั้นตอน ข้อผิดพลาดของสายดีเอ็นเอเงียบเป็นสาเหตุหลักที่ทำให้ผลลัพธ์ MR ไม่สามารถทำซ้ำได้
- ผู้ประเมินสี่คน ไม่ใช่คนเดียว – การถ่วงน้ำหนักแบบผกผันความแปรปรวนเป็นหลัก โดยใช้ MR-Egger, ค่ามัธยฐานถ่วงน้ำหนัก และค่าฐานนิยมถ่วงน้ำหนักเป็นวิธีการวิเคราะห์ความไว วิธีการเหล่านี้ตั้งสมมติฐานที่แตกต่างกันเกี่ยวกับภาวะพลีโอโทรปี ความสอดคล้องกันของผลลัพธ์เป็นหลักฐาน และความไม่สอดคล้องกันจะถูกรายงานแทนที่จะปกปิด การศึกษาจำลองของเราได้กำหนดไว้ดังนี้ เครื่องมือประเมินทั้งสี่แบบนั้นช่วยปกป้องคุณจากอะไรบ้างและจุดที่แต่ละอันแตกหัก
- การทดสอบพลีโอโทรปีแบบมีทิศทาง – ค่าจุดตัด MR-Egger พร้อมการตีความ รวมถึงสถิติ I-squared-GX สำหรับสมมติฐาน NOME เนื่องจากค่าต่ำทำให้การประมาณค่า Egger เองนั้นไม่น่าเชื่อถือ
- ตรวจพบค่าผิดปกติอย่างเป็นทางการ – การทดสอบโดยรวมของ MR-PRESSO, การทดสอบค่าผิดปกติ และการทดสอบความผิดเพี้ยน โดยรายงานผลลัพธ์ก่อนและหลังการกำจัดค่าผิดปกติ
- การวัดปริมาณความแตกต่างหลากหลาย – ค่า Cochran's Q จากการวิเคราะห์แบบตัดตัวแปรออกทีละตัว ดังนั้นจึงไม่มีตัวแปรใดตัวเดียวที่เป็นสาเหตุหลักของผลลัพธ์
- ไม่รวมสาเหตุย้อนกลับ – การกรองแบบ Steiger เพื่อยืนยันว่าเครื่องมือแต่ละชนิดอธิบายความแปรปรวนในการสัมผัสได้มากกว่าในผลลัพธ์ บวกกับ MR แบบสองทิศทางซึ่งทิศทางเป็นสิ่งที่น่าสงสัยอย่างแท้จริง
- เครื่องมือ PheWAS – เครื่องมือแต่ละชิ้นจะถูกตรวจสอบกับแหล่งข้อมูลการเชื่อมโยงทั่วทั้งฟีโนไทป์เพื่อหาเส้นทางทางเลือกอื่น ๆ ที่นำไปสู่ผลลัพธ์ นี่คือจุดที่การละเมิดข้อจำกัดการยกเว้นจะถูกตรวจพบ และเป็นขั้นตอนที่บทความ MR ส่วนใหญ่ที่ส่งเข้ามามักข้ามไป
- การจำลองแบบอิสระ – การวิเคราะห์ซ้ำใน GWAS ผลลัพธ์ที่สองจากกลุ่มตัวอย่างที่แตกต่างกัน หากมีอยู่
- บรรพบุรุษตรงกัน – การศึกษา GWAS เกี่ยวกับปัจจัยเสี่ยงและผลลัพธ์ที่ได้มาจากประชากรบรรพบุรุษเดียวกัน โดยมีการพิจารณาการแบ่งชั้นประชากรอย่างชัดเจน
สิ่งที่คุณได้รับ
- ต้นฉบับฉบับสมบูรณ์ – เขียนตามมาตรฐานการรายงาน STROBE-MR สำหรับวารสารเป้าหมายของคุณ
- ชุดฟิกเกอร์เต็มตัว – แผนภาพกระจายพร้อมค่าความชันของตัวประมาณทั้งหมด แผนภาพฟอเรสต์ของผลกระทบต่อเครื่องมือแต่ละชนิด แผนภาพกรวย และแผนภาพการตัดออกทีละตัว ในรูปแบบเวกเตอร์คุณภาพสูงสำหรับการตีพิมพ์
- ตารางเครื่องดนตรี – ข้อมูลของตัวแปรทุกตัวพร้อมขนาดผลกระทบ ค่าความคลาดเคลื่อนมาตรฐาน ความถี่ของอัลลีลที่มีผล ค่าสถิติ F และคำอธิบายประกอบจาก PheWAS
- รหัสการวิเคราะห์ฉบับเต็ม – การเขียนโปรแกรมด้วย R โดยใช้ TwoSampleMR และ MRPRESSO พร้อมคำอธิบายและสามารถรันได้ตั้งแต่ต้นจนจบจากสถิติสรุปสาธารณะ
- กรอกแบบตรวจสอบ STROBE-MR เสร็จสมบูรณ์แล้ว
- การแก้ไขตามคำขอของผู้เขียน 1 รอบ
สิ่งที่ไม่ได้รวมอยู่ด้วย
เราไม่รับเขียนบทความแทน คุณเป็นผู้กำหนดสมมติฐาน ตรวจสอบการตีความทางชีววิทยา และเป็นเจ้าของข้อกล่าวอ้าง เราไม่ทำการวิเคราะห์ทางพันธุกรรมในระดับบุคคล การศึกษา GWAS ในกลุ่มตัวอย่างของคุณเอง หรือสิ่งใดก็ตามที่ต้องเข้าถึงธนาคารชีวภาพที่จำกัดภายใต้สิทธิ์ของคุณ เราไม่ส่งบทความแทนคุณและไม่รับประกันว่าจะได้รับการตีพิมพ์ หากค่าประมาณเชิงสาเหตุเป็นศูนย์ บทความจะรายงานค่าเป็นศูนย์ การวิเคราะห์ MR ที่ดำเนินการอย่างดีและได้ผลลัพธ์เป็นศูนย์นั้นสามารถตีพิมพ์ได้ และเราจะเขียนบทความในลักษณะนั้น
เมื่อไหร่ที่เราจะบอกคุณว่าอย่าซื้อสินค้านี้
หากตัวแปรต้นของการศึกษาของคุณมีเครื่องมือวิเคราะห์ที่มีนัยสำคัญในระดับจีโนม (GWAS) น้อยกว่าประมาณสิบตัว การวิเคราะห์จะขาดพลังการวิเคราะห์ และตัวประมาณค่าความไวจะไม่ให้ข้อมูลที่เป็นประโยชน์ หากการศึกษา GWAS เกี่ยวกับตัวแปรต้นและผลลัพธ์ที่มีอยู่ใช้กลุ่มตัวอย่างร่วมกันจำนวนมาก ผลลัพธ์จะมีความลำเอียง และไม่มีวิธีการใดแก้ไขได้ หากคู่ตัวแปรต้นและผลลัพธ์เดียวกันได้รับการตีพิมพ์ไปแล้วจากสถิติสรุปเดียวกัน การตีพิมพ์ซ้ำจะไม่เพิ่มอะไร เราตรวจสอบจำนวนเครื่องมือวิเคราะห์ ค่าสถิติ F การทับซ้อนของกลุ่มตัวอย่าง และวรรณกรรมที่มีอยู่ก่อนเริ่มการศึกษา การตรวจสอบนี้คือหน้าที่ของการประเมินความเป็นไป ได้และขั้นตอนการดำเนินการ ( Feasibility & Protocol Assessment )
การเข้าถึงข้อมูล
สถิติสรุปผลการศึกษา GWAS สาธารณะ เราดึงข้อมูลเหล่านี้จากแหล่งข้อมูลมาตรฐานด้วยตนเอง ไม่มีการยื่นคำขอและสิ่งที่คุณต้องจัดการใดๆ หากกลุ่มพันธมิตรต้องการขอข้อมูลโดยย่อ เราจะแจ้งให้คุณทราบตั้งแต่เริ่มต้นว่าจำเป็นต้องมีลายเซ็นของคุณหรือไม่
ปฏิบัติการ
การส่งมอบงานตามปกติใช้เวลา15 วันทำการนับจากแผนการวิเคราะห์ที่ตกลงกันไว้ การวิเคราะห์แบบหลายตัวแปร แบบสองทิศทาง และแบบร่วมตำแหน่งจะใช้เวลานานกว่านั้น หากงานของคุณต้องการระยะเวลานานกว่านั้น เราจะแจ้งให้คุณทราบก่อนที่คุณจะชำระเงิน
คำถามทั่วไป
แล้วถ้าผู้ประเมินไม่เห็นด้วยกันล่ะ?นั่นคือข้อค้นพบ ไม่ใช่ความล้มเหลว ความไม่ลงรอยกันระหว่าง IVW กับวิธีการที่ทนทานต่อภาวะพลีโอโทรปี บอกอะไรบางอย่างเกี่ยวกับเครื่องมือ และเอกสารนี้ก็ได้รายงานและตีความสิ่งนั้นแล้ว
คุณสามารถทำ MR ที่กำหนดเป้าหมายยาได้หรือไม่? ได้ครับ โดยใช้เครื่องมือที่จำกัดเฉพาะบริเวณยีนที่เข้ารหัสเป้าหมาย และใช้การร่วมตำแหน่งเพื่อยืนยันตัวแปรที่เป็นสาเหตุร่วมกัน รายละเอียดเพิ่มเติมจะแจ้งแยกต่างหากครับ
MR เป็นหลักฐานที่น่าเชื่อถือหรือไม่?มันมีระดับความน่าเชื่อถือสูงกว่าระบาดวิทยาเชิงสังเกตแบบดั้งเดิม แต่ต่ำกว่าการทดลองแบบสุ่ม ดูคำแนะนำของเราเกี่ยวกับระดับของหลักฐานในการวิจัยทางคลินิก
บทความวิจัย MR ของฉันถูกปฏิเสธตั้งแต่ขั้นตอนการพิจารณาเบื้องต้น คุณช่วยแก้ไขได้ไหม?ส่วนใหญ่แล้วการปฏิเสธในขั้นตอนการพิจารณาเบื้องต้นในสาขานี้ มักเกิดจากการขาดการวิเคราะห์ความไวมากกว่าผลลัพธ์หลักที่ผิดพลาด ส่งต้นฉบับมาได้เลย
ขอบเขตที่ขยายเพิ่มเติม
การวิเคราะห์ MR แบบหลายตัวแปรสำหรับปัจจัยเสี่ยงที่สัมพันธ์กัน การวิเคราะห์ MR แบบตัวกลาง การวิเคราะห์การอยู่ร่วมกัน การวิเคราะห์ MR แบบยา-เป้าหมาย และการวิเคราะห์ MR แบบไม่เชิงเส้น จะมีการเสนอราคาแยกต่างหาก โดยทั่วไปเริ่มต้นที่ 3,500 ดอลลาร์สหรัฐ โปรดดูรายละเอียดเพิ่มเติมในExtended & Multi-Database Registry Study
มีคำถามอะไรไหม?
หากคุณไม่แน่ใจว่าผลิตภัณฑ์นี้เหมาะสมกับคำถามวิจัยของคุณหรือไม่ โปรดสอบถามก่อนซื้อ ส่งคำถามของคุณได้ด้านล่าง และนักวิเคราะห์อาวุโสจะตอบกลับภายในหนึ่งวันทำการ ไม่มีข้อผูกมัดใดๆ และหากผลิตภัณฑ์อื่นเหมาะสมกับคุณมากกว่า หรือหากคำตอบที่ตรงไปตรงมาคือเราไม่สามารถช่วยเหลือคุณได้ เราจะแจ้งให้ทราบ
